伊賀城主密召忍者「小丸子」(此遊戲主角名自取，筆者以第一頁能找的字，故以此為名唄！)，表示剛結束的會議已決定全體將士浴血奮戰，與伊賀國共存亡。要「小丸子」連夜逃出城，前往伊賀人隱居的地方找長老，修練成最強的忍者，最後殺死「信長」，為所有活著和死去的伊賀人報仇.....

　　「信長」在結束了與比叡山本能寺的長年紛爭之後，第二年開始了對伊賀國的討伐。他任命其次子「信雄」為主帥，並配以「丹羽長秀」、「澠川一益」、「蒲生氏鄉」、「筒井順慶」、「淺野長政」等一批猛將，對伊賀發動大舉進攻。

　　其進攻的目的不僅在於擴大其勢力範圍，而且由於伊賀的忍者是一只強大的武裝力量，這支力量如果倒向敵人一方，對其征服全日本的計劃產生嚴重威脅。所以他迫不及待地摧毀伊賀國，以保證其計劃的順利實施。在這裡、火燒比叡山的慘劇又將重演......

　　此時信長部下「霞丸」帶著忍者殺進村，「小丸子」上前對抗，但因非其對手而落敗昏迷。正當危急時，「霞丸」的手下前來急報說「明智」叛亂，襲擊了 「信長」駐紮的本能寺，「信長」大王去向不明。「霞丸」獲知後，氣怒急忙趕回去救援，「小丸子」也因此逃過一劫！

　　長老救醒「小丸子」後，表示此村已被「信長」知悉，所以須在追兵再次來到之前，趕快逃離此村。

　　出洞窟、遇到信長的軍隊，「小丸子」只好躲在草叢裡，等待他們過去。之後沿路前進可到伊勢城 (此遊戲只有在客棧才可存檔哦！)，再往右上繼續前進過橋後，往右下可到三河城。繼續往左下可到白濱村，再往上可到紀伊城。繼續往右過橋可到遠江城，再往右上走即可到富士修練場。

　　進入上方的火窟， 由右上方到地下一層，再往右上繞到上方樓梯到地下二層。走到正下方的樓梯到第四層，即可在寶箱取得《火龍石》，之後再繼續往前走，即可快速離開火窟。將 《火龍石》給長老，他傳授《火焰術》，並要你前往筑波修練場。

　　離開富士修練場，往右下沿路可到相模城，繼續往右上可到品川港，再往左上可到上野城，再往右過橋直走可到常陸城，而筑波修練場就在常陸城外左上方。

　　進入上方的洞窟，沿路走到地下一層，往左走即可看到中央處的樓梯，下去到地下二層 (地面可看見六個 梅花圖形)。走到左下方進樓梯到地下三層，沿路走到岔路，往右到大空地，從右上方樓梯到地下四層，再走到上方，即可在寶箱內取得《地神石》。拿回去給長老，他傳授《地惠術》和《解毒術》，並要你前往羽黑山修練場。

　　由常陸城一路往上到最上方，過橋再往上到陸中城。往左再往上走 (左邊看到的橋，過去出羽城)，即可到羽黑山修練場。

　　進入上方的洞窟，由右下樓梯到第二層，沿路走到中下方傳送點，傳送後再爬上樓梯到第三層。沿路走到 (路上的 地洞，以及有些寶箱前會提示你回頭，若不管去拿寶箱也是會掉洞口回到下層) 正下方的樓梯到第四層。再走到正上方樓梯到第五層。再往下 (會提示你注意腳下) 走到盡頭跳進洞 (不是傳送點)，再一路爬樓梯即可到上天之屋，寶箱內取得 《天寶珠》。拿回去給長老，他傳授《濃霧術》和《空劍術》，並要你前往恐山修練場。

　　由羽黑山修練場往右上到平泉村，再往上沿路走，可看見右側有路可走進到群山中的洞窟。

　　回到樓梯處，走到右上方的牆壁凹洞，則右下通道前地洞消失，進右下通道到盡頭踩梅花圖案，則樓梯處正上方通道前地洞消失。

　　沿正上方通道前進，一路往右到十字路口，往右再往下走到下個十字路口，再往左走到左下方樓梯到下一層。沿路前進到盡頭的樓梯，上去可看見三條岔路，往右走到右上 方踩梅花圖案出現洞口，跳進到下層。沿路到盡頭上樓梯，即可到大房內見到「海尊」，將他打敗、寶箱內可取得《義經鎧》、《義經短刀》。

　　出山洞，往上到陸奧城，繼續往上即可到達恐山修練場。

　　進入上方的洞窟，沿路前進到盡頭，進入上方的傳送點後，再沿路前進即可到天國之路。到右上方樓梯到下一層，沿路走到十字路口，往下沿路前進到盡頭，即可在寶箱內取得 《般若珠》。拿回去給長老，他傳授《火走術》，並要你前往大島修練場。

　　出恐山修練場 (不想用走的，就用《天狗羽》直接到相模城唄！)，一路往下可經過陸奧城、陸中城到常陸城。往左到上野城，再一路往下經過相模城，再繼續往下到底，即可到碼頭，乘船到大島修練場。

　　進入上方的洞窟，走到右下樓梯到地下一層，往前進傳送點後 (別衝太快而在傳送後跑離傳送點)，往右走進傳送點，再往左走進傳送點，再往右走進傳送點後，往右走到岔路，往上進入樓梯到地下二層。

　　走到十字路口，往兩旁避過地洞到最下方岔路，往左一路繞到最右上方的樓梯到地下三層。再往前爬上樓梯回到地下二層的小空地，寶箱內可取得《行者石》。拿回去給長老，他傳授《渦燄術》和《水柱術》，並要你到御獄修煉場，途中可先到相模天狗森林與天狗比武。

　　回到相模城外，到上方的天狗森林。

　　由相模城往左經過遠江城到三河城，往上到甲斐城。再往上經過木柵邊關防守後，往左沿路往下即可到御獄修練場。

　　進入上方洞窟，沿路往前到四條通道且上方有一扇鐵門處，但目前沒鑰匙可打開。進左 (四條通道進那個都可) 通道的樓梯到地下一層，再走到正下方樓梯到地下二層。沿路前進看見第一個傳送點就進入。傳送後、再往上沿路走到盡頭的樓梯 (路上的傳送點都不要進)，下去到地下三層。

　　走到最左側的傳送點。傳送到下方的小空間後，進入樓梯到地下四層。走到中央處的樓梯到地下五層，進入右邊的傳送點，沿路前進即可見到「織田信長」的幻影，將他打敗、寶箱內取得《忍者鑰匙》。

　　回到一層的鐵門處，用《忍者鑰匙》開門進入，寶箱內取得《幻寫鏡》。拿回去給長老，他傳授《火柱術》，並要你到越智山修煉場並幫助對抗「信長」的城鎮。

　　出御獄修練場，往左上到越中城。再往右上到越後城，再往上到碼頭乘船到佐渡金山。

　　往下走到盡頭遇見「怨靈」，得知礦坑坍方是他造成的。將他消滅後，回佐渡金山找礦山的主管，獲得酬金 3000。

　　回到越中城，往左下到越前城，再往右就可到越智山修練場。

　　進入上方洞窟，到左下方的樓梯到上層。沿路走看到的第一個樓梯到上層。往下走到最下方的樓梯到上層。走到盡頭樓梯到上層。走到右下樓梯到上層。走到盡頭樓梯到上層。走到岔路往右繞到上方，即可在寶箱取得《空經典》。拿回去給長老，他傳授《雷電術》和《地震術》，並要你到劍山修煉場及去拜會一位鐵匠。

　　此時伊賀女子「蕾伊」前來，說要對抗「信長」為死去的爺爺報仇，加入你的隊伍之中。

　　由越前城往左下通過木柵邊關防守後，往左下沿路前進 (不要過橋) 到山城城。再往下到攝津城，往左上繞到左下的播磨城，再往左過橋後，往下到備中城。

　　回到播磨城，往左下到碼頭乘船到另一邊碼頭後，往左下到伊予城，再往右下到土佐城，往右到群山中的劍山修練場。

　　進入左方的洞窟，走到中央的走道，再進右下的樓梯到下層。往上沿路走到十字路口，往下到盡頭的樓梯到上層。走到右下方的樓梯到下層。走到盡頭進傳送點。

　　傳送後、往左走到底，再往下走會出現鐵門擋路，往右再往下走，地面會出現洞口。掉下後，往下走到樓梯回到上層 (也就是剛才那層的左下方)。往上到岔路，往右 →下 (會出現鐵門擋住) →右 →下，進入右下樓梯到下層。往上走到盡頭，即可在寶箱內取得《力經典》。拿回去給長老，他傳授《火虎術》和《地神術》，並要你到最後一個修練場～阿蘇山修煉場。

　　用《天狗羽》回到備中城吧！往左到安芸城。再往左下到山口村，再往左上到洞窟。

　　回到山口村，村外左下碼頭乘船到九州。往偏左下走到肥前城，若錢多可先往下到薩摩城，那裡可買到最好的武器裝備。不然就由肥前城往右，即可到阿蘇山修練場。

　　進入上方的洞窟，走到右下樓梯到下層。往下到樓梯到下層。往左到盡頭的樓梯到上層。往上進樓梯到下層。往下進樓梯到下層。往右上進樓梯到下層後，慢慢沿路前進，因為會出現地洞，小心的避過走到盡頭的樓梯到下層。之後一直沿路前進，即可到盡頭的寶箱取得《鋼經典》。拿回去給長老，他傳授《雷龍術》，並給了《門鑰匙》，要你去比叡山修練場找前輩，瞭解後續要做的事情。

　　此時伊賀忍者「百地丹波」也前來幫助「小丸子」，加入隊伍共同對抗「信長」。用《天狗羽》到山城城吧！進入右方的洞窟。

　　進右上方樓梯到下層。沿路到盡頭的樓梯到下層。走到 (中央處可補血) 最上方，此處有二個樓梯，先進入右邊樓梯到下層。進入傳送點後，看到的三個傳送點，裡面都是好武裝的寶箱哦！

　　回到二個樓梯處，這次進左邊樓梯到上層，之後一直沿路上樓到有岔路處，到下方樓梯到上層，再繞到中央處即可見到比叡山通路的守護神「阿修羅」。將他打倒後，繼續往前走出山洞。再往前到比叡山修練場。

　　用《天狗羽》到越中城吧！再往下到美濃城，到上方通過木柵邊關防守，進入群山中的洞窟。

　　將越前、美濃、山城和伊勢這四城攻下後，由山城城往右向上沿著群山前進 (或越前城往下走)，即可看見進近江地區安土城的木柵邊關防守，通過到安土城。

　　打倒「霞丸」後，往前到第三層。到左下方的樓梯到第四層。沿路往前到十字路口遇到 「夢幻坊」。

　　打倒「夢幻坊」後，往右是到寶物庫拿寶箱，往前則上樓梯到第五層。走到正下方樓梯到中央處遇到「影軍首領」。

　　打倒「影音首領」後，往前上樓梯到第六層。走到左下方的樓梯到第七層。沿路前進終找到「織田信長」，將他打倒吧！

　　「織田信長」臨終前，讚嘆「小丸子」的本領。也道出了他在本能寺受到「明智光秀」偷襲後，就不再相信任何部下。連「豐田秀吉」和「柴田勝家 」都靠不住。因為他們只要一有機會，就會乘虛而入，奪取地位權利，這也是戰亂時期常見的現象。

　　也因此才信了南蠻人的建議，使用魔鬼的力量來征服全日本。因為連可信任的人都叛變了，倒不如借助魔鬼的力量更安全些。如今卻被你這個為家族和朋友的小伙子打敗，這對 他是個啟迪，忘記了人生最寶貴的東西！而「唯我獨尊、橫行霸道、掃平天下」，都只不過是一場白日夢而已........