 ～您現在瀏覽的攻略是～ 《尼爾：人工生命》 |
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■～筆者遊戲執行系統：Win10 x64。遊戲版本：PC 繁中版。 遊戲難度：NORMAL。 ■～此劣作已標明為【劇情攻略】，若擔心劇透問題之人，請無視且勿參考此劣作！謝謝！QQ ^ ^ ■～此劣作包含全劇情＼支線任務＼全武器＼全地圖＼釣魚＼全結局... |
| 攻 略 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
～ 2053年 夏 ～ 「尼爾 (主角名是自己命名，筆者以此來表示之)」與妹妹「悠娜」於廢棄商店裡躲避酷寒氣候，突然出現三隻魔物襲擊。此為戰鬥教學唄！隨便打都可輕鬆滅之...^ ^ 消滅魔物後，「尼爾」到角落關心重病纏身的妹妹「悠娜」，準備到外面找些吃的東西時，叮囑妹妹切勿碰觸地上的『黑書』。 此時魔物再出現，「尼爾」雖奮力清理一波後，魔物仍不斷出現。精疲力盡的「尼爾」，為了保護妹妹，無奈接受了『黑書』的力量... 獲得『黑書』的力量，開始可以使用魔法『黑手』囉！開始大開殺戒，殺出外面消滅持續出現的魔物吧！此全應算是劇情戰鬥教學，陸續習得新魔法，So...自行看看滅怪唄！ 消滅所有魔物後，聽到廢棄商店內有動靜，「尼爾」擔心妹妹的安危，正欲進樓時，大型魔物出現囉！將牠消滅後，進屋找妹妹「悠娜」，見到她的黑文病發作，昏迷過去了...
～ 1412年後 ～ 「尼爾」與妹妹倖活下來，居住於小村莊，但「悠娜」的病仍然沒有好轉。這天、「尼爾」準備外出狩獵，並去圖書館替妹妹借回她喜歡的書。 出門前、樓下客廳可看見發亮的光點，調查可獲取物品或金錢。後續有看到就自取，不再贅述唄！此時身上自帶的武器為《無名刀工之劍》、《純白契約》、《漆黑誓約》。 出屋後、先走到防呆地圖 (M 鍵) 上的藍色小圓點吧！可看見郵筒，這是此遊戲的存檔裝置，後續看到就自行利用，不再贅述唄！
到村內右上方的『圖書館』二樓房間，找一直照顧他們兄妹的「波波菈」小姐，她說商店街有委託的工作，給了《北方平原地圖》及 1000G，希望你能去『北方平原』帶一些羊肉回來，並順便向委託人買三份藥草回來。 下樓準備出圖書館時，見到「悠娜」妹妹來到圖書館。上前交談要她趕快回家休息，病情就會好轉的...
由村子上方出口到『北方平原』，就可看見許多綿羊囉！消滅並取得《羊肉》x3 後，準備回村時，在村口遇見三集魔物。將其消滅後，憂心魔物竟離村子越來越近了！
到左側的商店街，將《羊肉》交付給道具店的委託商人，獲得酬勞 600G。並向他購買三份《藥草》(若有在村內到處搜括取得三份，就不用買囉！)，若金錢足夠，不妨也先把《東街道地圖》、《崖之村地圖》、《神話森林地圖》買一買唄！ 武器店有新武器《百合葉之劍》(2400G)、《百獸劍》(16800G)，有需者且錢足夠就自便唄！ 到『圖書館』二樓房間將《藥草》交給「波波菈」後，回家找妹妹，跟她說發現了花朵《月之淚》就能變成有錢人及治百病的故事後，休息去囉！ 翌日、「尼爾」照常到『圖書館』二樓房間找「波波菈」。她說木工們到『北方平原』修理壞掉的橋，但糟糕的是那邊出現了魔物，有木工受了重傷，大家也因此被困在那裡，請你幫忙清理那邊的魔物。 到『北方平原』中央的斷橋處找到魔物，將其全部消滅唄！回『圖書館』向「波波菈」回報，她轉交木工們給的謝禮 1000G，並說「悠娜」有來找過她，詢問了有關外面世界的事... 回到家中查看床鋪，發現「悠娜」妹妹不在家，不知跑哪去了。心想她可能又跑去圖書館了。 到『圖書館』仍不見妹妹的蹤影，上樓問「波波菈」。她說「悠娜」中午來找她問哪裡有《月之淚》的事，跟她說了以前會生長在村外東邊石之神殿附近... 到村子右側出口處發現「悠娜」掉落的《悠娜的緞帶》，心想「悠娜」該不會真的去了石之神殿。出村到『東街道』，沿路往右上到『石之神殿周圍』。
前方發現岩石崩塌，無法前進，「悠娜」可能鑽了縫隙進去了，看來要找路進入才可。 走上樓梯，沿著山道繞一圈，途中看見的木箱可砍破獲取道具，後續見到就自便，不再贅述。最後走過長長的吊橋進入『石之神殿』。
進入後、走上中央的環形樓梯，在樓梯上看見的木箱，擊破可獲取《石之神殿地圖》。 到 2F 後，右側的門被鎖住了。走到正下方的房間，擊破木箱可獲得《青銅鑰匙》，拿去開門進入後，見到魔物開始出現囉！ 沿路滅怪，繞到左下方房盡頭，爬上木梯到上面的棧橋可看見木箱，擊破可獲取單手劍武器《涅槃短劍》。再往前爬上繩梯到 3F。沿路滅怪前進到頂樓。 沿著棧橋往上走到祭壇廳前的斷垣區域。走到左側處可看見斷梯無法攀上，需找墊腳物方可。 附近可看見一塊可移動的大石塊。將它推拉到斷梯下，即可跳到石塊上，再跳到斷梯上的平台。繼續沿路前進，進入祭壇廳。 見到「悠娜」昏倒在裡面的祭壇上，且有兩名重兵守衛把守。周圍的小魔物先稍清理一下後，趕緊去攻擊兩名重兵守衛間的紅色結晶。 擊破紅色結晶後，出現古代睿智的「白書」。它說能賦予你力量來消滅這些擾人魔物救人。上前向它詢問如何拯救「悠娜」後，「白書」加入成為夥伴。 消滅小魔物後，兩名重兵守衛甦醒並攻擊而來。將他們消滅救出「悠娜」，此時祭壇廳也開始崩塌囉！即時離開祭壇廳後，「悠娜」的黑文病又發作了，趕緊返回村裡。
回到家將「悠娜」安置休息後，「白書」說「悠娜」身患的黑文病，一旦染上那種病，類似黑色文字的圖案會逐漸蔓延全身，最終導致死亡，需想辦法找出解救之法才行。 村內中央的噴水池旁找「迪瓦菈」，她說從以前流傳在村子裡的遠古之歌就有提到白書，其中的涵義她也不是很清楚，但好像是在說黑書總有一天會降臨世上，散播疾病，不過和它抗衡的白書會拯救世界。其他可去問萬事通「波波菈」，或許她知道些什麼！ 圖書館二樓找「波波菈」詢問，得知白書會藉由被封印的話語降伏黑書，解除災厄疾病拯救世界。 「尼爾」心想只要有白書，就能治好妹妺的病。而魔物似與這被封印的話語有不淺的關係，若能滅之或能取得。 「波波菈」表示最近在北方的『崖之村』出現魔物，現在『北方平原』的橋已修好了，通過即可抵達，到那裡找村長，就能知道情況。 「波波菈」房對面的房間，不妨進去看看，裡面會擺放著打過的 BOSS 公仔哦 ^^！此時也開始 NPC 頭上有白色圓環防呆指引的支線任務囉！
到『北方平原』，經過中央修好的橋，到達左下方的『崖之村』。 進村後、即可見到最高處村長所住的金色屋子，且村內也出現了魔物。 往前經過大廣場，走過木棧橋到對面後，即可爬上梯子到上層，再走過長長的木棧橋即可到村長家。但村長當即下逐客令，要你趕快離開這個村子。 回到村口準備離村時，見到棚屋掛著白色花環。上前查看時，看見一名身上散發出魔物氣息的內衣白髮妹子，認為她是魔物而大打出手。 戰後、出現一隻大型魔物襲擊。二人聯手將大魔物擊退後，獲得被封印的話語，可使用魔法『黑手』了。白髮女子也因遭逃離的魔物擊中而昏迷，「白書」認為她不是魔物，而是被魔物附體的人類。 照顧白髮女子待其醒來後，「尼爾」解釋誤以為她是魔物的誤會，女子表示叫「凱寧」，身上的確有一半是魔物，和她扯上關係的都不會有什麼好事，要你趕快離開。並說剛才的大魔物是她的獵物，要你絕對不准對牠出手！ 出村後、會有『去找波波菈打聽情報』和『擔心悠娜，去看她的情況』選項。這選哪一個隨您高興，只是主線去的地方先後順序而已！ 找「波波菈」則是主線會先去『廢鐵山』，找「悠娜」則是先去『海岸鎮』。去『廢鐵山』是要打 BOSS 怪的，所以先從簡單的，找妹妹吧！^^
回到家裡看臥病在床的「悠娜」妹妹，她的病情似又惡化，相當痛苦。決定去找「波波菈」拿止痛藥物。 圖書館二樓找「波波菈」，她說南方的『海岸鎮』才能釣到的《藥魚》，能有效止痛，可緩解「悠娜」妹妹的痛苦。
由『尼爾的村子』的商店街下方出口到『南方平原』(此時是沒防呆地圖可看的)。沿路往前看見衛兵遭魔物襲擊，趕快上前幫忙消滅魔物後，衛兵感謝您的搭救，送上謝禮單手劍武器《月光與闇》。倘若救太慢讓衛兵被魔物打死，就得不到了哦！ 繼續沿路往前，即可抵達『海岸鎮』。
進鎮後、沿路往前走即可到商店街，找道具店即可買到《海岸鎮地圖》、《南方平原地圖》，如此就有防呆地圖可看囉！ 到右下方的碼頭漁船旁問男居民，他說想要《藥魚》可去堤防找喜歡釣魚的老爺爺問問看。 到商店街下方的海邊堤防處找到老爺爺，他說在西邊的海灣可釣到《藥魚》。給了《釣竿》和《擬餌》，要你自己去釣唄！ 由食材店旁的通道到左側的海灣開始釣魚小遊戲囉！釣魚功能解鎖，也就是魚上鈎後，按住 F 鍵，再視魚的方向按反方向鍵 A 或 D 鍵來消耗完魚的體力 (下方顯示的體力棒)，即可釣上囉！ 使用《擬餌》釣吧！就算釣不到，最後還是會自動釣獲《藥魚》的。 正要離開海灣時，一位老婆婆叫住你，請你幫她去趟郵局拿信。 到右側噴水池廣場旁的郵局 (也就是存檔處左側屋內) 內找郵差，他說因腳受傷了，所以無法送信去給「 燈塔婆婆」。於是給了《老婆婆的信》，並得知你是從「波波菈」小姐的村莊來的，給了《給波波菈的信》託你回村時轉交。 回到海灣發現老婆婆已不在了，從旁邊往下的路走到盡頭的燈塔。進入到燈塔上找到「燈塔婆婆」，將信給她唄！獲得謝禮 1000G。
回家找「悠娜」妹妹，讓她服用藥魚治療。翌日、妹妹表示身體好轉已不痛了，「尼爾」向她介紹「白書」，妹妹叫它「白白」唄！ 「尼爾」表示有事要去找「波波菈」小姐，叮嚀妹妹要乖乖睡覺喔！
圖書館二樓找「波波菈」轉交郵差的《給波波菈的信》，並表示對付大魔物相當吃力，詢問有啥強化武器之法。 「波波菈」說廢鐵山採集到的金屬可強化武器，而山的入口有店可幫忙強化，不過強化需要錢。若需錢，可去酒館看看，村中若有委託都會集中在那裡。 到酒館找「迪瓦菈」交談，她說酒館會有許多村子的情報，想找工作可隨時過來找她。此主要是告訴你有空找她查看支線任務唄！
此時不妨回趟『尼爾的家』，屋前的紅色信封可收到「悠娜」妹妹寫給哥哥的信『看著天空』...
『北方平原』右上瀑布河流的斷橋下有木梯，爬上到斷橋上，再往前打開鐵網門進入『廢鐵山外部』。 沿著鐵軌往前到小彎道，進左通道盡頭一對兄弟經營的武器加工店。他們給了《廢鐵山地圖》並說只要進廢鐵山找三份《鈦合金》材料來，就可幫忙加工武器。而他們的媽媽幾天前進廢鐵山找材料至今未回。 出店、繼續往前到『廢鐵山』的 1F。
看著防呆地圖走唄！途中有處需推鐵塊當墊腳跳至上層哦！ 到最左側的岔路口，消滅機器人後，獲得《鈦合金》，且左、上通道門也打開了。上 (左) 通道盡頭消滅機器人後，獲得《鈦合金》x2。
收齊三個《鈦合金》，回武器加工店找兄弟倆強化武器，此後可來這裡強化武器了。其中弟弟吵著要找媽媽，答應幫忙尋找後，哥哥說他們的媽媽可能到深處找材料，給了可啟動昇降機的《昇降機的啟動通行碼》。
往前到第一個岔路，進右側門到盡頭乘坐 Ev-A 昇降機到 B1F。
沿路往前，途中遇擋路的柵欄，可拿出現的炸彈，快跑再丟出去炸掉柵欄通過唄！ 再往前坐上礦車，操作人物站在礦車內前端可加速礦車的速度，站在礦車內後端可減速礦車的速度。並適時發射魔法解決兩旁出現的炮台及敵人。 下礦車後繼續往前，又遇到擋路的柵欄，照樣拿出現的炸彈炸掉第一個柵欄後，出去是個斷橋，且對面又有柵欄。拿靠近門邊那顆炸彈，快跑丟過去炸了它唄！ 之後再往前快跑跳躍，迅速翻滾 (Shift) 再跳躍，即可跳過斷橋到對面唄！繼續往前到兵器試驗場。
到中央圓形大廣場遇 BOSS 巨型機器人，將它滅了後，獲得了被封印的話語，習得魔法『黑之暴食』。 進入深處房間發現一對男女屍體。女子應就是武器加工店兄弟倆的母親，她應是要拋棄兒子與這年輕男人私奔，結果死在這裡。 從女子身上撿取有玫瑰香味的《化妝瓶》，回去向兄弟倆說明... (要選哪個隨您高興) 之前『崖之村』出現魔物之事未解決，決定再前往看看情況...
村口見到內衣妹子「凱寧」正與魔物交戰。上前協助一路殺進村內，再次遇見上次的大型魔物。將它滅了 (要打好幾遍 >"<)、獲得了被封印的話語，習得魔法『黑之幻影』。「凱寧」也加入成為一起滅魔的夥伴唄... 「凱寧」表示在沙漠深處的『面具城』國王染上了黑文病，所以有在研究治療的方法。去那裡或許能找到治療的線索...
此時不妨回趟『尼爾的家』，屋前的紅色信封可收到「悠娜」妹妹寫給哥哥的信『不要逞強喔』...
由『東街道』右下方到『沙漠』。看著畫面右下方小地圖上的防呆『╳』走吧 (朝右下方走)！即可到『面具城』。 城入口緊閉著無法進入，但守衛見到內衣妹子「凱寧」，當即打開大門讓你們進入。「凱寧」表示曾在附近救過城內小孩，因此城民才會讓她進出城唄！ 進城後、先由兩旁沿路走到對面的國王公館，調查大門發現緊閉進不去，只好返回城鎮入口，見到一名跌倒的小女孩。 幫小女孩拾取所有散落的水果並交給她，但言語不通無法交談。「白書」透過她的比手畫腳的方式溝通，得知她叫做「菲雅」，願當你的嚮導來致謝。 跟著「菲雅」走，在她導覽下參觀道具店、沙船搭乘處 (此後與旁邊士兵交談即可搭乘)、食材店、怪異店、材料店、武器店，最後來到國王公館，「菲雅」說前任國王因罹患黑文病過世了，現由王子統治這個國家... 向公館前廣場王子直屬的面具副官求見王子，但他說王子現不接見外人... 回到城鎮入口，才能「凱寧」之前救過的小孩就是「菲雅」...^^。此時聽城門士兵的談話，得知王子在『沙之神殿』失蹤。「尼爾」答應幫 「菲雅」救回他們的王子... 先到道具店買《沙漠地圖》、《面具城地圖》吧！如此就有防呆地圖可看囉！武器店有單手劍新武器《地龍鉤爪》。
出城到『沙漠』，「菲雅」從後追了過來，表示帶你們到神殿。因不熟悉沙漠的人，是無法通過沙塵暴到達的。跟著「菲雅」妹妹走吧！即可通過沙塵暴到『沙之神殿』。 若在沙塵暴跟丟「菲雅」可得重走哦！沙塵暴裡會出現三批狼群攻擊，滅狼保護好「菲雅」妹妹哦！進神殿前、「菲雅」給了《沙之神殿地圖 》。
進神殿後、入口即被封印無法出去。裡面共可看見六間房間，只有右下方可進入，其它房暫被封印，需通過房間的試煉才會逐一解除封印。
此房禁止跳躍，有跳躍行為就重來。被發射光球射中也是重來唄！後續各房遺如此！ 左側的石塊往前堆，即可擋住第一道光球機關。將中央石塊往前推，即可進入下個區域。 看下面二道光球機關暫停發射時，衝過到上面。將石塊往下拉再往右推，擋住右邊的光球機關，即可推石塊進入下個區域。 一樣看二道光球機關暫停發射時，衝到對面。將上面的右邊石塊拉出，再往左推擋住光球機關。 再將上面的左邊石塊往左一直推到底擋住光球機關，看旁邊光球機關暫停發射時，衝過即可到發光的紅色立方塊，將其砍破即可通過試驗，解除左下房的封印。
看見面具國王子被機關抓走囉！ 此房禁止跳躍、禁止站著不動！>"< 這個只要躲避光彈，從右邊繞到右上方的發光紅色立方塊，將它砍破即可通過試驗。 進入後門到沙河處，一路往左跳到下個房間。(左房)
此房禁止跑、翻滾、使用魔法 >"<！「凱寧」不信欲使用魔法，結果也被機關抓走囉！>"< 這房算起來滿 Easy 的，基本上有二種方法： 1.跳到光球機關石塊上，一直跳到對面唄！ 2.只要按住 Ctrl + W，即會呈現舉劍防禦姿勢慢慢往前走。舉劍防禦姿勢會擋住抵消射來的光球，所以只要按住 Ctrl + W，就可走過去囉！ 到發光紅色立方塊處，將它砍破即可通過試驗，解除右房的封印。
此房禁止防禦、使用魔法。 此房只要將五個石塊逐一往前慢慢推，擋住橫向發射的光球，即可到對面的發光紅色立方塊，將它砍破即可通過試驗，解除右上房的封印。
此房禁止翻滾、使用魔法。 一開始馬上跳到右側斷石上，再跳到光球機關石塊上，一路跳到對面發光紅色立方塊上 (若在下面用刀砍就要趁光球暫歇時一次次砍唄！)，即可踩破通過試驗，解除左上房的封印。
此房禁止使用武器。所以小心避過光球，使用魔法擊破所有發光紅色立方塊，即可通過試驗，解除後門的封印。 由後門出去到沙河處，一路往左跳到下個房間。(最左上房)
此房禁止翻滾。消滅出現的魔物怪，即可解除封印門。出去走到左上方出口到大廳。
消滅出現的 BOSS 方塊魔物 (打紅色立方塊就對了唄！)，救出王子返回『面具城』，也得知王子是為找王家面具才 去神殿的。
王子尋獲國王證明的王家面具，成為「面具之王」，送上單手劍武器《輪迴轉生》致謝。 向「面具之王」詢問黑文病的治療方法，但他說至今仍未找到解法。之後獲得被封印的話語，習得魔法『黑之轟壁』。 「尼爾」擔心妹妹的情況，準備回家看看妹妹唄！回村路經『沙漠』，不妨到左下方河流處，可釣魚哦！
回 『尼爾的家』二樓看「悠娜」妹妹，並在家陪她唄... 翌晨、「尼爾」因昨晚做了個奇怪的夢，夢到被封印的話語。與「悠娜」談論此事時，她也說有做了夢，夢中有提到夢境和神話森林。「尼爾」對此事有些在意，決定去問問「波波菈」。
到圖書館二樓找「波波菈」，她說收到北方的『神話森林』村長寄來一封詭異的信，寫著一直作夢的事。「尼爾」對夢境之事也甚為在意，決定前往『神話森林』拜訪村長。 此時不妨回趟『尼爾的家』，屋前的紅色信封可收到「悠娜」妹妹寫給哥哥的信『村裡的大家』...
到『北方平原』，由左上方出口到『神話森林』。 左上樹屋前找村長，他說你既能與他對話，就表示你也被捲入夢裡面了！ 『神話森林』在這一個月左右的時間內，蔓延著一種叫『死之夢』的神秘疾病。這是一種只要一睡著就再也起不來，並持續作夢的怪病。村長探究發病的原因，發現似是透過對話這個媒介進行傳染的特殊疾病，但才剛查明這個事實，自己就病倒了。 「尼爾」與「白書」認為從夢中清醒的方法，一定就潛藏在這森林的某個地方。一陣尋覓後，發現了文字猜謎： 一、一個人不夠，兩個人剛剛好，三個人會搞砸的事物是什麼？ →『秘密』。 二、從窗戶闖入房間，卻不會打碎玻璃，一到黃昏就會離開的東西是什麼？ →『陽光』。 三、一開始四隻腳，後來變成兩隻腳，最後是三隻腳。這是什麼？ →『人類』。 三道謎題解開後，終解開『死之夢』的封印，從村長的夢裡醒來。村長請你去救救其他村民 (非主線必要，所以不救也可以)，使他們從『死之夢』醒來。獲得了被封印的話語，習得魔法『黑之處刑』。 右上屋前的女村民，進入她的夢裡面，發現她被關在城的地下，帶著她依序朝陰暗迷宮的『北邊、東邊、北邊、東邊、北邊』，解開『死之夢』的封印醒來... 右側屋前的男村民，進入他的夢裡面，來到石像群的藝術鎮看見三胞胎雕像，選擇本尊為『B』，解開『死之夢』的封印醒來... 兩名村民都救醒後，回去向村長回報，獲得謝禮單手劍武器《信義》。
圖書館二樓向「波波菈」回報『神話森林』的情形後，「波波菈」說計劃整修貿易用的水路，但委託來整理水路的人，這些天都沒來工作，他總是揹著紅色包包，請你到海岸鎮找看看他的狀況。
道具店左側處找到揹著紅色包包的男子，他說跟他一樣揹著紅色包包的妻子離家出走至今未回，他因此擔心的什麼事都沒辦法做。為了讓他專心工作，決定幫他找回妻子，他說妻子常到酒館找朋友。 酒館內問女子，她說包包男子的妻子最近都沒來，所以不知她在哪。不過可去釣具店問看看，因她好像常跟老闆的太太聊天。 釣店具旁問女居民，她說包包男子的妻子之前好像說要去城鎮外... 到『南方平原』，在中央處遇到魔物，將其滅了，拾獲《紅色包包》，看來包包男子的妻子已遇害了。 回『海岸鎮』向包包男子說明時，他的妻子竟回來了。這才知夫妻倆為了顆蘋果閙彆扭，妻子回了娘家，且不小心弄丟了包包而已... (要如何排解他們夫妻理的爭執就隨你高興去選唄！) 包包男子表示夫妻倆已和好了，接下來會繼續努力整修水路的。
圖書館二樓向「波波菈」回報包包男子的情形後，正欲出房時，「波波菈」說「悠娜」妹妹在找你，要你回去看看唄！ 回家找「悠娜」妹妹，她說有位住在南邊大房，寫信聊天的男筆友生病了，希望哥哥可以幫他把病治好。
到『南方平原』，前住右下方的『洋房』前找管家，跟著他進入屋內到餐廳等候。但久未見到主人來到，從另一門出餐廳到走廊。 走廊盡頭開門到畫像走廊，發現一些門都需有鑰匙才能打開進入的，其中有道門要開時，「白書」會提示說差不多該回去了... 回到餐廳，發現同來的「凱寧」也不知到哪裡去了。 再次到畫像走廊，發現牆上的畫好像出現了變化。由左側門 (之前「白書」提示說差不多該回去的那道門) 出去到庭院，在噴水池周圍可看見許多石化雕像。 進入對面的門到最裡面的房間，在鏡子旁取得一把《月之鑰》。 回畫像走廊，用《月之鑰》打開左側盡頭的門，進入沿路到裡面的房間，見到矇著雙眼的宅邸主人「艾米爾」。 「艾米爾」表示只要他的眼睛看到的東西都會變成石頭，所以才將眼睛矇起來。至於通信的事管家比較知道，於是給了《洋房地圖》、《星之鑰》，要你到最裡面房問管家。 出房、走到最裡面房用《星之鑰》開門，到盡頭管家房，發現需鑰匙才能打開。進左下房可發現打開的水都是血水，右下房的桌上找到《光之鑰》，拿去打開管家房間進入，「艾米爾」也隨後來到。 管家說信是他寄出去的，他的主人有著將所見一切變成石頭的眼睛，因此感到憂慮而拒絕看見所有的事物。聽聞你是著名的勇者，便以主人的名義寄出信件，但不知為何是「悠娜」小姐回的信，也因此請她代為轉達... 宅邸裡有治療之法，但那裡出現魔物，根本無法接近，給了《暗之鑰》，希望你能幫忙前往取之。「艾米爾」表示他的眼睛可使敵人石化，因此同行前往。 回畫像走廊，用《暗之鑰》打開右側盡頭的門，沿著走廊到書庫，途中有個木箱，砍破可獲得單手劍武器《背信之刃》。 書庫內遇到 BOSS 魔書而展開激戰。戰鬥中、內衣妹子「凱寧」也聞聲來到，協助消滅魔書，獲得被封印的話語，習得魔法《黑之旋舞》。也找到了治癒石化的書頁。
回家看看「悠娜」妹妹的病況後，到圖書館找「波波菈」拿藥。她說藥剛好都用完了，麻煩你去南門附近，幫忙採集調合用的《止咳苔》。 到『南方平原』出口前的地面上採集到《止咳苔》。之時見到「艾米爾」跑進鎮昏倒在地，將他帶回圖書館休息... 「艾米爾」表示有股巨大壓迫感，即將有魔物來襲，要大家快點逃離村莊。此語彼落，魔物已襲來了！ 到商店街消滅襲村之大魔物後，再進圖書館消滅侵入的魔物後，大魔物的頭部復生襲來。將他打進地下室，「凱寧」堵住門口正欲取鑰匙鎖住時，魔物之王帶著「黑書」出現，並抓了「悠娜」妹妹... 「黑書」催促「白書」與它合而為一，言道他們都是魔王創造出來的，合而為一來解放魔物，造就魔王的正統樂園... 猶豫不決的「白書」，最終在夥伴「尼爾」、「凱寧」和「艾米爾」的羈絆情誼呼喚下，重回夥伴身邊，共同對抗魔物之王... 此時所有魔法都被奪走了，而要對抗的黃書。只要一直追擊攻打黃書，即可逐一取回魔法力量使用。 取回所有魔法並消滅黃書後，魔物之王出手擊傷「尼爾」，帶著「悠娜」揚長而去。「凱寧」知自己也快撐不住了，請「艾米爾」將她石化，成為擋住地下室大門的基石，防止大魔物竄出... 「艾米爾」無奈，悲泣地拿下矇眼布條，將「凱寧」姊石化，封印住裡面的魔物... ～ 五年後 ～ 自從妹妹「悠娜」被走，已經過了五年。雖然一直都在尋找魔王，卻還沒有掌握到他的下落。這五年當中，世界日漸荒蕪，因『黑文病』而死的人也越來越多。「尼爾」每天過著狩獵魔物的日子，堅信著持續這樣的戰鬥，總有一天能找到魔王... 長大成年後的「尼爾」，開始可使用雙手劍和長槍了。此時身上自帶雙手劍武器《天叢雲劍》、《純白約定》，長槍武器《侘寂》、《純白矜持》。 這天、「尼爾」狩獵魔物回村後，見到侵入村莊的魔物，將其消滅並與受害村民交談後，到圖書館找「波波菈」。 「波波菈」轉交了「艾米爾」的來信，信中提到找到一個可能是解除「凱寧」石化的線索，讓「尼爾」到『洋房』一趟... 商店街的武器店，此時有新武器雙手劍《斷罪之斧》、長槍《日出國魔刃》可購買。此時『崖之村』也有商店了，若之前『神話森林』沒幫村長救村民沒獲得《信義》，則『崖之村』武器店就有賣單手劍武器《信義》。
『面具城』的武器店有新武器長槍《士兵長的聖槍》、《不死鳥長槍》。
『海岸鎮』的武器店有新武器雙手劍《汙穢之斧》、長槍《篡位者的長槍》、單手劍《不死鳥短劍》。
到『南方平原』右下的『洋房』前，見到管家早在門口等候。在他的帶領下，進入見「艾米爾」。他拿出宅邸的計畫室平面圖，表示那裡有控制一切魔力的方法。 與「艾米爾」來到噴水池中庭，調查噴水池旁的發光點，打開密道，進入到『地下設施』。
調查左上方地上的光點，獲得《門禁卡AA》，打開前方的木門到通道。 進最右上房間，在右上角落櫃子旁地面，調查可獲得《門禁卡KA》。即可打開前方的門，而門左側的木箱，擊破可取得《地下設施地圖》。 繼續往前到木箱倉庫，這裡的木箱都可擊破的。所以沒路就擊破木箱開路唄！而左下方的木箱擊破後，可在角落處找到《門禁卡SA》。 再從左側的出口通過隱藏通道到另一邊，擊破木箱可取得武器雙手劍《雙子獠牙》。再往前用《門禁卡SA》開門，進入到『地下設施2』。進入前撿到一張『6號計劃報告』文件。
第一區域的左上方角落，可找到《門禁卡TA》，開門進到第二區域。 第二區域繞到入口左側通道盡頭，可找到《門禁卡NA》，開門進入後，沿路到第三區域。 第三區域進入右上房內，右上角落可找到《門禁卡HA》，開門進入到第四區域。 第四區域進入中央的小房內，地上光點找到《門禁卡MA》，可打開右側房，裡面右上角落可找到《門禁卡YA》，開左上房進入到『地下設施3』。進入前撿到一張『關於封印管理設施』文件。
第一區域的《門禁卡RA》就在右側第二間房內，不過要進第三間房內，在右下角落有隱藏通道進入第二間房取得。開門進入第二區域。 第二區域可在在右側出口門的左邊地上光點，撿到一張『6號計劃進度報告』文件，並取得《門禁卡WA》。開門進入到『地下設施 最深處』。
見到被釘在牆上的大型機器人。「艾米爾」看後及之前撿到的文件，終想起自己就是被製造出來的『兵器』！ 他們本是再普通不過的人類小孩，但經由魔法實驗變成了兵器。那是為了製造出最強兵器而反覆進行的實驗。最後、終極魔法兵器終於誕生了，那兵器的名字就叫做『6號』。 但是、『6號』卻是無法控制的失敗品，為了封印失控的『6號』所製造出來，具備石化能力的兵器就是『7號』，也就是「艾米爾」... 被釘在牆上的機器人就是最強兵器『6號』，也就是「艾米爾」的姊姊。「艾米爾」表示只要能獲得她的魔力，應就能解除石化，因此自動獻身要讓『6號』吞噬。並囑咐說他被姊姊吞噬後，若變得不是原本的自己，說不定會傷害各位，所以到時候就殺了他... 「尼爾」早已經下定決心，不會再失去任何人，所以舉劍對抗復甦的最強兵器『6號』！ 戰後、「艾米爾」在被吞噬前被救出，他也感受到姊姊的魔力，可以控制石化了。不過他的身體已變成受到詛咒的兵器機器人身軀了... 「艾米爾」表示如今的他已經連外表看起來都不像人類了，但也不全是壞事。只有有這股魔力，就能讓「凱寧」姊恢復原狀...
圖書館內、「艾米爾」施展魔力解除石化，內衣妹子「凱寧」回來囉！^ ^ 不過被困於門後的大魔物也竄出，給牠最後一擊，將牠消滅唄... 長期石化的「凱寧」甦醒，以及「艾米爾」的溫柔舉動，都讓我們細細品味著重逢的喜悅。直到「迪瓦菈」和「波波菈」她們提出了，以村子為優先考量，禁止將有摻合魔氣，犧牲自己拯救村子的「凱寧」和「艾米爾」留在村裡。 「凱寧」和「艾米爾」也不為難她們，答應露宿村外。「尼爾」對此憤怒不已... 那天晚上，「尼爾」無法入睡。他第一次覺得「迪瓦菈」小姐很可恨，並懷疑「波波菈」小姐是個冷血的人。但這些情緒都沒有意義，以村子為優先考量，讓她們只能說出那樣的結論。 為了保護村民，不讓他們受魔物驚嚇，她們才會那麼說。我沒辦法向「迪瓦菈」和「波波菈」問罪，因為從沒打算理解「凱寧」他們立場的我，跟她們同樣有罪... 翌日、到村中央噴水池旁找「迪瓦菈」交談後，再到圖書館找「波波菈」。她說『石之神殿』似乎能通往魔王的所在地，現在貿易用的水路交通也整頓好了，可從村裡碼頭坐船過去。 到道具店後面的水車碼頭 (從道具店對面城牆上繞過去) 找船長「包包男子」，此後可在『尼爾的村子／海岸鎮／沙漠／北方平原／前往石之神殿的捷徑』快速移動唄！
乘船到『前往石之神殿的捷徑』，往前到『石之神殿 後門』。 往前走過木橋、爬上繩梯、走過木棧道到第二道繩梯處，可看見繩梯下有木箱，擊破可獲得武器長槍《王妃寶座》。繼續往前進入神殿 1F。路線同之前，只是變成有些房間需推開石塊才能通過唄！而這些石塊可直接跳過到對面去推唄！ 一路走到頂樓，再走到祭壇廳，擊破門口旁的木箱，可獲得武器雙手劍《百獸劍王》。 進入祭壇廳遇見 BOSS 魔物，將牠滅了後，然而「凱寧」也因受重傷，被其體內的魔物所控制而向「尼爾」攻擊！將她打倒壓制後，「凱寧」恢復正常囉！祭壇上取得了《神秘石板》。
向「波波菈」詢問《神秘石板》之事，她說那好像是解開魔王城封印的鑰匙。目前拿到的是『石之守護神』這個部分的石板，尚有四塊石板，其中二塊應在『廢鐵山』和『神話森林』。 這裡『廢鐵山』和『神話森林』要先去那個隨你高興唄！筆者就依路程先去『廢鐵山』，再去『神話森林』唄！
到武器強化店找弟弟，得知他哥哥四年前發生意外身亡了！他說得到一把很強的武器，認為你應用的到，於是送給了你，獲得武器雙手劍《鐵塊》。 弟弟說這把武器需要從地下二樓的大型機器人身上取得《記形合金》來修補強化，於是給了《通往地下2樓的通行碼》。
第一岔路口，右通道盡頭的 Ev-A 昇降機現可乘坐到 B2 樓了。(之前若有任務要刷材料的，不妨在B2F 沿路上刷唄！)
盡頭處可看見礦車。而前個通道內可看見一道木柵門，搬炸彈丟過去炸開唄！進入後、沿路刷怪走到最左上的房內，消滅大機器人即機率掉《記形合金》或《鈦合金》。(若取得《記形合金》，後續可不用去直接回強化店，因為後續還是要跑一趟的) 返回去做礦車，沿路又是射擊的關卡囉！自行看著辦唄！到站後、沿路進入第二場景。 沿路殺機器人唄！要刷材料可先往下走，也有大機器人。從左上到最深處。
沿路走到盡頭，搭乘 Ev-C 昇降機到 1F。
往前可看見中央有個洞口，旁邊的木箱擊破可獲得武器長槍《百獸雙槍》。跳進中央洞口到兵器試驗場，往前到盡頭乘坐 Ev-0 昇降機回到外面，即可是外部要進 1F 前岔路左通道盡頭的昇降機。
到武器強化店將《記形合金》交給弟弟，他說強化要花一點時間，完成後會通知你的。出店後、會詢問你要先去『神話森林』或回村找「波波菈」。筆者因解任務，所以選先回村唄！
圖書館二樓找「波波菈」，她說包包船長最近請假沒有上班，請你到『海岸鎮』他的家看看情況。(此時碼頭乘船功能暫停)
道具店左側屋找包包船長的妻子，她說又跟丈夫吵架了，丈夫氣得離家出走一星期了，請你幫忙找找。 酒館內問右側的女客人，她說包包船長是在那個有圖書館的村子長大，也許是回家鄉了，聽說他哥哥是村子裡的衛兵...
南方出口前問左側衛兵，他說當船長的弟弟有陣子沒回來了，最近也沒和他見過面。不過他有在開船送信，說不定郵局裡的人知道。
郵局內找郵差，發現郵差也不在了。詢問代理的居民，得知包包船長也許去了海彎的遇難船那裡了。 到左側海灣沙灘上的遇難船，從船的右下破洞進入船內。
往前到盡頭的門 ，發現鎖住了！地上的光點取得《提燈》後，往回走看見一名小女孩走進倉庫。隨後走進，發現並沒有人，右側盡頭角落拾獲一把《船底的鑰匙》。 回到走道，到盡頭用《船底的鑰匙》開門。進入後、地上光點發現疑似是包包船長落下的蘋果。繼續往前到樓上。 地上發現腳印，旁邊的房內桌上可看見航海日記。繼續往前爬木梯到上層走道，左側盡頭可看見光點，但被書架擋住無法拿取。先將左側的書架往右拉到拉不動，再進房內。 右側桌上有本筆記本，查看得知此船是艘販賣人口的商船。調查中央書櫃，發現花瓶開關，啟動打開密門。進入到隔壁房，地上發現一箱拷打用器具。往左出 去到走廊盡頭，地上光點取得《通道的鑰匙》。 回爬木梯上來後的走道，用《通道的鑰匙》打開右側的門。進入後先走進裡面的房間，調查傳聲管聽見女孩的聲音應就在管子另一端的房間。 出房、由剛用鑰匙進來的門旁木梯下到下層。進入第二間的廚房內，查看中央的大鍋子唄！ 回走道、往右開門進到下段走道，地上光點又發現掉在地上的蘋果。再往前踩中腐爛的地板，掉落到船底，發現了許多屍體，其中包含了包包船長... 往前爬木梯到上層，房內桌上發現一張信。再爬木梯到最上層房間見到了小女孩，此時郵差也來到，表示小女孩應是這艘遇難船的乘客，她能到外面之前，一直都是他在照顧的。 之後、小女孩變回魔物原形破壞船體。一路往左砍殺怪物觸角，到盡頭上方洞口逃到甲板上，與內衣妹和「米艾爾」會合後，大魔物竄出展開攻擊！消牠消滅吧... (之後要不要告訴包包船長的妻子真相，隨您高興)
圖書館二樓跟「波波菈」回報包包船長身亡之事後，她說剛路過你家，剛好看到郵筒裡好像有信件。離開前、「波波菈」也告知已找人去代替船長了，現在碼頭又開始可乘船了。 『尼爾的家』前信箱裡，收到一張面具之王要結婚的邀請信。
國王公館二樓見「面具之王」，新娘就是當初給予協助的「菲雅」。 到了婚禮前夕，在公館一樓找「凱寧」、二樓找「艾米爾」、二樓外找「面具之王」交談... 婚禮當日、與面具副官交談，觀賞他們國家的婚禮儀式時，狼群闖進城咬傷「菲雅」。上前將牠們打跑後，「菲雅」也因傷重身亡，「面具之王」對此悲傷不已，誓言要消滅狼群... 此時又有劇情選擇囉！去『神話森林／確認廢鐵山兄弟有沒來信／見面具之王』，選哪一個隨您高興，筆者就近來推進劇情，所以先見「面具之王」囉！ 進國王公館二樓外找「面具之王」交談，一起出發討伐狼群前，他送了武器單手劍《古代霸王》。 到『沙漠』中的狼群巢穴 (劇情自動前往) 討伐狼群。此戰狼群會專攻「面具之王」，所以守在「面具之王」身邊，狼群就會靠近，不用去追狼唄！將狼王消滅，終為「菲雅」報仇，獲得《忠誠的賽柏洛斯的鑰匙》。 此時又有劇情選擇囉！去『神話森林／確認廢鐵山兄弟有沒來信』，筆者先跑神話森林唄！
到『神話森林』問村長，他說深處的神樹會發出奇妙的氣息，但他們沒辦法靠近調查。 到右上方盡頭處調查大樹，聽見樹神之聲說故事並詢問了三個問題 ，全答對後獲得《記憶之樹的鑰匙》。 1.失去的羨慕之色是？ →故事中女孩眼睛的顏色 (隨機出的)。 2.紅眼戰鬥之女子失去的數量為？ →故事中出現的夥伴數字 (隨機出的)。 3.你在世上最重視之物？ →第1個的『悠 娜』。 此時又有劇情選擇囉！去『確認廢鐵山兄弟有沒來信／找波波菈問話』，筆者選廢鐵山唄！
到『尼爾家』前的郵箱，收到廢鐵山兄弟的店寄來，通知武器強化已完成之事。
武器強化店內找弟弟，獲得強化完成的武器雙手劍《鐵塊》。他也請你進廢鐵山內消滅魔物及大機器人，幫他哥哥報仇。 進『廢鐵山』，也就是走之前到 B2F 的路線，坐礦車一路殺到最深處，坐 Ev-0 昇降機到 1F。從盡頭洞口跳下到兵器試驗場，消滅魔物機器人 P-33。 此時武器強化店的弟弟也來到，狠踹已倒地不動的 P-33 洩恨。獲得了《機械之理的鑰匙》。 關於魔王的真實身分，或許找到了新情報，決定回村找「波波菈」問看看。
圖書館二樓找「波波菈」，她說『崖之村』的村長寄來一封信，表示在村民之中似乎有人知道魔王城鑰匙資訊『祭品』這個話語。
到村長家找村長詢問，但他似乎很害怕，說根本不知道信之事... 到村中商店區向衛兵打聽時，他們竟變成魔物攻擊而來。將他們消滅後，與「凱寧」會合時，「凱寧」遭魔物襲擊受傷倒地。 消滅第二波魔物後，BOSS 魔物現形，將他消滅，獲得《祭品的鑰匙》。
如今五塊鑰匙已全收齊了，可以前往魔王城救「悠娜」了。到圖書館找「波波菈」問詳情後，準備出發前往石之神殿的魔王城。
到任一個碼頭乘船到『石之神殿』，一路走到頂樓的祭壇廳內。有了五把鑰匙，即可通過祭壇的封印，進入到『魔王城』。
往前經過庭院到大門前，左側的木箱擊破可取得武器雙手劍《不死鳥大劍》。 開門進入又回到庭院，再走到大門前，對面有小鳥的檯子處調查小鳥，牠提問了三個問題： 1.人類為何從世界上消失？ →『因為黑文病』。 2.人類如何延續生命？ →『將身體和靈魂分離』。 3.靈魂將歸向何方？ →『放入複製的傀儡』。 全答對後，再次打開大門，即可進入到城堡內，見到雙胞胎姊妹「波波菈」和「迪瓦菈」，她們勸你回頭。為了救妹妹「悠娜」，當然繼續前進。將她們打倒，獲得《魔王城地圖》，繼續往前到『魔王城2』。
裡面是個舞會大廳，消滅魔物後，「凱寧」強行踹開大門，被裡面一堆圓形魔物壓倒在地。這些圓形魔物打不完的，所以趕快去將倒地的「凱寧」扶起，即可繼續劇情，大野豬魔物出現囉！ 將大野豬打倒後，牠會再復生。一直打到門開啟後，就趕快進入通道，暫避過大野豬唄！ 通道內擊破右側的木箱，可獲得武器長槍《草原之龍騎槍》。繼續往前走上階梯後，大野豬又追來了，趕快往前快跑別被追上就對了唄！ 跑進大房內發現對面的門上鎖打不開，最終還是被大野豬追上了！大野豬是打不死的，一直打到「面具之王」帶兵前來支援，擋住大野豬斷後，並合力打開大門，讓「尼爾」等人繼續前進到『魔王城3』。
再次見到「波波菈」和「迪瓦菈」，她們道出一千三百年前，面臨毀滅的人類採取的最後手段，就是『型態計劃』。獲得了文件『型態計劃 報告書』。 「白書」也因此想起了以前的記憶，表示這裡所有人都不是人類，都是人類製造出來的『假人』(複製人)。而被稱之為『魔物』的就是人類！ 「波波菈」和「迪瓦菈」表示她們永無止境的人生目的，就只有遵照人類的指示，控制別人的人生。你們有你們的理由，她們有她們的理由。各自訴求理念不同，唯有開打囉！ 戰後、憤怒的「波波菈」牽制眾人欲同歸於盡，最後「艾米爾」犧牲自己斷後，護送「尼爾」與「凱寧」往前。
收起悲傷之心的「尼爾」與「凱寧」，繼續往前到最深處的房間，見到魔王及昏倒在床上的「悠娜」。 打倒魔王後，醒來的「悠娜」出言阻止殺魔王，稱魔王是她 (「悠娜」體內的魔物) 的哥哥，並說別人的身體，她不需要，也不想要了！ 她感受到體內原本的那個女孩，和她一樣很愛她的哥哥，因此將自己曝曬在烈日下，蒸發得無影無蹤，將身體還給原本的女孩... 魔王見此悲憤不已，再次展開攻擊。「白書」為了牽制魔王的行動，完成它背負的最後重任而形體消失了。此時魔法也不能用了，直接去砍殺魔王，將他打倒唄！ 戰後、上前觀看「悠娜」的情況時，殘留的「白書」之聲告知「悠娜」沒事，只要利用您和「悠娜」的記憶，回想起那些記憶，那些你們活過的證明，就能喚回「悠娜」... 之後會詢問「悠娜」最愛的人是誰？當然是哥哥囉！所以輸入您為主角所取的名字吧！終喚醒了「悠娜」。體內有魔物的「凱寧」，不想干擾「尼爾」兄妹倆的生活，拒絕了「尼爾」的挽留，獨自離開...
《尼爾：人工生命
ver.1.22474487139...『結局Ａ』》
～Fin.～
一大段「凱寧」的夢境的文字敍述，說明「凱寧」小時候被村人歧視，後被奶奶收養一起生活。直至最後奶奶被魔物殺死，誓為她報仇的過去...有興趣就慢慢看唄！ 五年後、被石化在圖書館裡的「凱寧」，在「艾米爾」的施魔下解除石化，恢復了原來形態。不過被困於門後的大魔物也竄出，「尼爾」給牠最後一擊，將牠消滅唄... 「迪瓦菈」和「波波菈」以村子為優先考量，禁止將有摻合魔氣，犧牲自己拯救村子的「凱寧」和「艾米爾」留在村裡，讓他們露宿村外... ( 多了「尼爾」到村外看他們露宿的情景) 翌日起床後，一樓房內鍋子右邊架子上可找到一本《媽媽的日記》。閱讀進入永劫回歸的容器世界，隨時閱讀皆可進入，若全通關也還是可進入刷怪的。
到村中央噴水池旁找「迪瓦菈」、圖書館找「波波菈」交談。得知『石之神殿』似乎能通往魔王的所在地，現在貿易用的水路交通也整頓好了，可從村裡碼頭坐船過去。(乘船系統解鎖)
『尼爾的村子』的水車碼頭，找包包船長乘船到『前往石之神殿的捷徑』，往前到『石之神殿』。 一路走到頂樓，進入祭壇廳遇見 BOSS 魔物，將牠滅了後，然而「凱寧」也因受重傷，被其體內的魔物所控制而向「尼爾」攻擊！將她打倒壓制後，「凱寧」恢復正常囉！祭壇上取得了《神秘石板》。
向「波波菈」詢問《神秘石板》之事，她說那好像是解開魔王城封印的鑰匙。目前拿到的是『石之守護神』這個部分的石板，尚有四塊石板，其中二塊應在『廢鐵山』和『神話森林』。
到武器強化店找弟弟，得知他哥哥四年前發生意外身亡了！他給了武器雙手劍《鐵塊》，並說需從地下二樓的大型機器人身上取得《記形合金》來修補強化，於是給了《通往地下2樓的通行碼》。(若一周目已有多的《記形合金》在身上，只要到1F再回來即可交付了) 到 1F 的 Ev-A 昇降機乘坐到 B2 樓了。盡頭處礦車前通道可看見一道木柵門，搬炸彈丟過去炸開唄！進入後、沿路刷怪走到最左上的房內，消滅大機器人即機率掉《記形合金》。 回店將《記形合金》交給弟弟，他說強化要花一點時間，完成後會通知你的。
圖書館二樓找「波波菈」，她說包包船長最近請假沒有上班，請你到『海岸鎮』他的家看看情況。
道具店左側屋找包包船長的妻子，她說丈夫和她吵架了後離家出走一星期了，請你幫忙找找。 酒館內問女客人，她說包包船長是在有圖書館的村子長大，也許是回家鄉了，聽說他哥哥是村子裡的衛兵...
南方出口前問左側衛兵，他說當船長的弟弟有陣子沒回來了，最近也沒和他見過面。不過他有在開船送信，說不定郵局裡的人知道。
郵局內找郵差，發現郵差也不在了。詢問代理的居民，得知包包船長也許去了海彎的遇難船那裡了。到左側海灣沙灘上的遇難船，從船的右下破洞進入船內。
往前在地上的光點取得《提燈》後，往回走看見一名小女孩走進倉庫。隨後走進，發現並沒有人，右側盡頭角落拾獲一把《船底的鑰匙》。 回到走道，到盡頭用《船底的鑰匙》開門。進入後、地上光點發現疑似是包包船長落下的蘋果。繼續往前到樓上。 地上發現腳印，往前爬木梯到上層走道，左側盡頭可看見光點，但被書架擋住無法拿取。先將左側的書架往右拉到拉不動，再進房內。調查中央書櫃，發現花瓶開關，啟動打開密門。進入到隔壁房，往左出去到走廊盡頭，地上光點取得《通道的鑰匙》。 回爬木梯上來後的走道，用《通道的鑰匙》打開右側的門。進入後先走進裡面的房間，調查傳聲管聽見女孩的聲音應就在管子另一端的房間。 出房、由剛用鑰匙進來的門旁木梯下到下層。往右開門進到下段走道，地上光點又發現掉在地上的蘋果。再往前踩中腐爛的地板，掉落到船底，發現了許多屍體，其中包含了包包船長... 往前爬木梯，一路爬到最上層房間見到了小女孩，此時郵差也來到，表示小女孩應是這艘遇難船的乘客，她能到外面之前，一直都是他在照顧的。 之後、小女孩變回魔物原形破壞船體。一路往左砍殺怪物觸角，到盡頭上方洞口逃到甲板上，與內衣妹和「米艾爾」會合後，大魔物竄出展開攻擊！消牠消滅吧...
圖書館二樓跟「波波菈」回報包包船長身亡之事後，她說剛路過你家，剛好看到郵筒裡好像有信件。離開前、「波波菈」也告知已找人去代替船長了，現在碼頭又開始可乘船了。 『尼爾的家』前信箱裡，收到一張面具之王要結婚的邀請信。
國王公館二樓見「面具之王」，新娘就是當初給予協助的「菲雅」。 到了婚禮前夕，在公館一樓找「凱寧」、二樓找「艾米爾」、二樓外找「面具之王」交談... 婚禮當日、與面具副官交談，觀賞他們國家的婚禮儀式時，狼群闖進城咬傷「菲雅」。上前將牠們打跑後，「菲雅」也因傷重身亡，「面具之王」對此悲傷不已，誓言要消滅狼群... 進國王公館二樓外找「面具之王」交談，一起出發到『沙漠』中的狼群巢穴 (劇情自動前往) 討伐狼群。將狼王消滅，終為「菲雅」報仇，獲得《忠誠的賽柏洛斯的鑰匙》。
到『神話森林』問村長，他說深處的神樹會發出奇妙的氣息，但他們沒辦法靠近調查。 到右上方盡頭處調查大樹，聽見樹神之聲說故事並詢問了三個問題 ，全答對後獲得《記憶之樹的鑰匙》。 1.失去的羨慕之色是？ →故事中女孩眼睛的顏色 (隨機出的)。 2.紅眼戰鬥之女子失去的數量為？ →故事中出現的夥伴數字 (隨機出的)。 3.你在世上最重視之物？ →第1個的『悠 娜』。
到『尼爾家』前的郵箱，收到廢鐵山兄弟的店寄來，通知武器強化已完成之事。
武器強化店內找弟弟，獲得強化完成的武器雙手劍《鐵塊》。他也請你進廢鐵山內消滅魔物及大機器人，幫他哥哥報仇。 進『廢鐵山』，也就是走之前到 B2F 的路線，坐礦車一路殺到最深處，坐 Ev-0 昇降機到 1F。從盡頭洞口跳下到兵器試驗場，消滅魔物機器人 P-33。 此時武器強化店的弟弟也來到，狠踹已倒地不動的 P-33 洩恨。獲得了《機械之理的鑰匙》。 關於魔王的真實身分，或許找到了新情報，決定回村找「波波菈」問看看。
圖書館二樓找「波波菈」，她說『崖之村』的村長寄來一封信，表示在村民之中似乎有人知道魔王城鑰匙資訊『祭品』這個話語。
到村長家找村長詢問，但他似乎很害怕，說根本不知道信之事... 到村中商店區向衛兵打聽時，他們竟變成魔物攻擊而來。將他們消滅後，與「凱寧」會合時，「凱寧」遭魔物襲擊受傷倒地。 消滅第二波魔物後，BOSS 魔物現形，將他消滅，獲得《祭品的鑰匙》。(此多了一大段「艾米爾」過往記憶的文字敍述)
如今五塊鑰匙已全收齊了，可以前往魔王城救「悠娜」了。到圖書館找「波波菈」問詳情後，到碼頭乘船到『石之神殿』，一路走到頂樓的祭壇廳內。有了五把鑰匙，即可通過祭壇的封印，進入到『魔王城』。
往前經過庭院到大門前，對面有小鳥的檯子處調查小鳥，牠提問了三個問題： 1.人類為何從世界上消失？ →『因為黑文病』。 2.人類如何延續生命？ →『將身體和靈魂分離』。 3.靈魂將歸向何方？ →『放入複製的傀儡』。 全答對後，再次打開大門，即可進入到城堡內，見到雙胞胎姊妹「波波菈」和「迪瓦菈」，她們勸你回頭。為了救妹妹「悠娜」，當然繼續前進。將她們打倒，繼續往前到『魔王城2』。
裡面是個舞會大廳，消滅魔物後，「凱寧」強行踹開大門，被裡面一堆圓形魔物壓倒在地。這些圓形魔物打不完的，所以趕快去將倒地的「凱寧」扶起，即可繼續劇情，大野豬魔物出現囉！ 將大野豬打倒後，牠會再復生。一直打到門開啟後，就趕快進入通道暫避過大野豬唄！繼續往前走上階梯後，大野豬又追來了，趕快往前快跑別被追上就對了唄！ 跑進大房內發現對面的門上鎖打不開，最終還是被大野豬追上了！大野豬是打不死的，一直打到「面具之王」帶兵前來支援，擋住大野豬斷後，並合力打開大門，讓「尼爾」等人繼續前進到『魔王城3』。
再次見到「波波菈」和「迪瓦菈」，她們道出一千三百年前，面臨毀滅的人類採取的最後手段，就是『型態計劃』。獲得了文件『型態計劃 報告書』。 「白書」也因此想起了以前的記憶，表示這裡所有人都不是人類，都是人類製造出來的『假人』(複製人)。而被稱之為『魔物』的就是人類！ 「波波菈」和「迪瓦菈」表示她們永無止境的人生目的，就只有遵照人類的指示，控制別人的人生。你們有你們的理由，她們有她們的理由。各自訴求理念不同，唯有開打囉！ 戰後、憤怒的「波波菈」牽制眾人欲同歸於盡，最後「艾米爾」犧牲自己斷後，護送「尼爾」與「凱寧」往前。(又是一大段「艾米爾」過往記憶的文字敍述) 另方面、「面具之王」與他的士兵們，最終與大野豬同歸於盡... (『結局Ａ』沒此動畫)
收起悲傷之心的「尼爾」與「凱寧」，繼續往前到最深處的房間，見到魔王及昏倒在床上的「悠娜」。 打倒魔王後，醒來的「悠娜」出言阻止殺魔王，稱魔王是她 (「悠娜」體內的魔物) 的哥哥，並說別人的身體，她不需要，也不想要了！ 她感受到體內原本的那個女孩，和她一樣很愛她的哥哥，因此將自己曝曬在烈日下，蒸發得無影無蹤，將身體還給原本的女孩... 魔王見此悲憤不已，再次展開攻擊。「白書」為了牽制魔王的行動，完成它背負的最後重任而形體消失了。此時魔法也不能用了，直接去砍殺魔王，將他打倒唄！ 魔王為自己沒有能夠拯救妹妹而痛苦自責，但最終與妹妹在靈魂彼岸重聚。回想起與妹妹「悠娜」幼時在廢棄商店裡躲避的回憶... (魔王和魔物妹妹就是人類的「尼爾」與「悠娜」，遊戲中操作的「尼爾」與「悠娜」都是『型態計劃』製造出來的複製人) 另方面、與「波波菈」同歸於盡的「艾米爾」，因姊姊最強兵器的頑強身體，讓他死不了。不過只剩下一顆頭，被震飛到沙漠中。他想著要回去見「尼爾」和「凱寧」姊前，得先找個身體才行唄...
《尼爾：人工生命
ver.1.22474487139...『結局Ｂ』》
～Fin.～
一大段「凱寧」的夢境的文字敍述，這個結局篇就可選擇看不看囉！想重溫的就慢慢看唄！ 五年後、被石化在圖書館裡的「凱寧」，在「艾米爾」的施魔下解除石化，恢復了原來形態。不過被困於門後的大魔物也竄出，「尼爾」給牠最後一擊，將牠消滅唄... 「迪瓦菈」和「波波菈」以村子為優先考量，禁止將有摻合魔氣，犧牲自己拯救村子的「凱寧」和「艾米爾」留在村裡，讓他們露宿村外... 翌日，到村中央噴水池旁找「迪瓦菈」、圖書館找「波波菈」交談。得知『石之神殿』似乎能通往魔王的所在地，現在貿易用的水路交通也整頓好了，可從村裡碼頭坐船過去。
『尼爾的村子』的水車碼頭，找包包船長乘船到『前往石之神殿的捷徑』，往前到『石之神殿』。 一路走到頂樓，進入祭壇廳遇見 BOSS 魔物，將牠滅了後，然而「凱寧」也因受重傷，被其體內的魔物所控制而向「尼爾」攻擊！將她打倒壓制後，「凱寧」恢復正常囉！祭壇上取得了《神秘石板》。
向「波波菈」詢問《神秘石板》之事，她說那好像是解開魔王城封印的鑰匙。目前拿到的是『石之守護神』這個部分的石板，尚有四塊石板，其中二塊應在『廢鐵山』和『神話森林』。
到武器強化店找弟弟，得知他哥哥四年前發生意外身亡了！他給了武器雙手劍《鐵塊》，並說需從地下二樓的大型機器人身上取得《記形合金》來修補強化，於是給了《通往地下2樓的通行碼》。(身上若有《記形合金》，只要到1F再回來即可交付了) 到 1F 的 Ev-A 昇降機乘坐到 B2 樓了。盡頭處礦車前通道可看見一道木柵門，搬炸彈丟過去炸開唄！進入後、沿路刷怪走到最左上的房內，消滅大機器人即機率掉《記形合金》。 回店將《記形合金》交給弟弟，他說強化要花一點時間，完成後會通知你的。
圖書館二樓找「波波菈」，她說包包船長最近請假沒有上班，請你到『海岸鎮』他的家看看情況。
道具店左側屋找包包船長的妻子，她說丈夫和她吵架了後離家出走一星期了，請你幫忙找找。 酒館內問女客人，她說包包船長是在有圖書館的村子長大，也許是回家鄉了，聽說他哥哥是村子裡的衛兵...
南方出口前問左側衛兵，他說當船長的弟弟有陣子沒回來了，最近也沒和他見過面。不過他有在開船送信，說不定郵局裡的人知道。
郵局內找郵差，發現郵差也不在了。詢問代理的居民，得知包包船長也許去了海彎的遇難船那裡了。到左側海灣沙灘上的遇難船，從船的右下破洞進入船內。
往前在地上的光點取得《提燈》後，往回走看見一名小女孩走進倉庫。隨後走進，發現並沒有人，右側盡頭角落拾獲一把《船底的鑰匙》。 回到走道，到盡頭用《船底的鑰匙》開門。進入後、地上光點發現疑似是包包船長落下的蘋果。繼續往前到樓上。 地上發現腳印，往前爬木梯到上層走道，左側盡頭可看見光點，但被書架擋住無法拿取。先將左側的書架往右拉到拉不動，再進房內。調查中央書櫃，發現花瓶開關，啟動打開密門。進入到隔壁房，往左出去到走廊盡頭，地上光點取得《通道的鑰匙》。 回爬木梯上來後的走道，用《通道的鑰匙》打開右側的門。進入後先走進裡面的房間，調查傳聲管聽見女孩的聲音應就在管子另一端的房間。 出房、由剛用鑰匙進來的門旁木梯下到下層。往右開門進到下段走道，地上光點又發現掉在地上的蘋果。再往前踩中腐爛的地板，掉落到船底，發現了許多屍體，其中包含了包包船長... 往前爬木梯，一路爬到最上層房間見到了小女孩，此時郵差也來到，表示小女孩應是這艘遇難船的乘客，她能到外面之前，一直都是他在照顧的。 之後、小女孩變回魔物原形破壞船體。一路往左砍殺怪物觸角，到盡頭上方洞口逃到甲板上，與內衣妹和「米艾爾」會合後，大魔物竄出展開攻擊！消牠消滅吧... (此結局篇最後是爬上大魔物頭部打小女孩主體的)
圖書館二樓跟「波波菈」回報包包船長身亡之事後，她說剛路過你家，剛好看到郵筒裡好像有信件。離開前、「波波菈」也告知已找人去代替船長了，現在碼頭又開始可乘船了。 『尼爾的家』前信箱裡，收到一張面具之王要結婚的邀請信。
國王公館二樓見「面具之王」，新娘就是當初給予協助的「菲雅」。 到了婚禮前夕，在公館一樓找「凱寧」、二樓找「艾米爾」、二樓外找「面具之王」交談... 婚禮當日、與面具副官交談，觀賞他們國家的婚禮儀式時，狼群闖進城咬傷「菲雅」。上前將牠們打跑後，「菲雅」也因傷重身亡，「面具之王」對此悲傷不已，誓言要消滅狼群... 進國王公館二樓外找「面具之王」交談，一起出發到『沙漠』中的狼群巢穴 (劇情自動前往) 討伐狼群。將狼王消滅，終為「菲雅」報仇，獲得《忠誠的賽柏洛斯的鑰匙》。
到『神話森林』問村長，他說深處的神樹會發出奇妙的氣息，但他們沒辦法靠近調查。 到右上方盡頭處調查大樹，聽見樹神之聲說故事並詢問了三個問題 ，全答對後獲得《記憶之樹的鑰匙》。 1.失去的羨慕之色是？ →故事中女孩眼睛的顏色 (隨機出的)。 2.紅眼戰鬥之女子失去的數量為？ →故事中出現的夥伴數字 (隨機出的)。 3.你在世上最重視之物？ →第1個的『悠 娜』。
到『尼爾家』前的郵箱，收到廢鐵山兄弟的店寄來，通知武器強化已完成之事。
武器強化店內找弟弟，獲得強化完成的武器雙手劍《鐵塊》。他也請你進廢鐵山內消滅魔物及大機器人，幫他哥哥報仇。 進『廢鐵山』，也就是走之前到 B2F 的路線，坐礦車一路殺到最深處，坐 Ev-0 昇降機到 1F。從盡頭洞口跳下到兵器試驗場，消滅魔物機器人 P-33。 此時武器強化店的弟弟也來到，狠踹已倒地不動的 P-33 洩恨。獲得了《機械之理的鑰匙》。 關於魔王的真實身分，或許找到了新情報，決定回村找「波波菈」問看看。
圖書館二樓找「波波菈」，她說『崖之村』的村長寄來一封信，表示在村民之中似乎有人知道魔王城鑰匙資訊『祭品』這個話語。
到村長家找村長詢問，但他似乎很害怕，說根本不知道信之事... 到村中商店區向衛兵打聽時，他們竟變成魔物攻擊而來。將他們消滅後，與「凱寧」會合時，「凱寧」遭魔物襲擊受傷倒地。 消滅第二波魔物後，BOSS 魔物現形，將他消滅，獲得《祭品的鑰匙》。
如今五塊鑰匙已全收齊了，可以前往魔王城救「悠娜」了。到圖書館找「波波菈」問詳情後，到碼頭乘船到『石之神殿』，一路走到頂樓的祭壇廳內。有了五把鑰匙，即可通過祭壇的封印，進入到『魔王城』。
往前經過庭院到大門前，對面有小鳥的檯子處調查小鳥，牠提問了三個問題： 1.人類為何從世界上消失？ →『因為黑文病』。 2.人類如何延續生命？ →『將身體和靈魂分離』。 3.靈魂將歸向何方？ →『放入複製的傀儡』。 全答對後，再次打開大門，即可進入到城堡內，見到雙胞胎姊妹「波波菈」和「迪瓦菈」，她們勸你回頭。為了救妹妹「悠娜」，當然繼續前進。將她們打倒，繼續往前到『魔王城2』。
裡面是個舞會大廳，消滅魔物後，「凱寧」強行踹開大門，被裡面一堆圓形魔物壓倒在地。這些圓形魔物打不完的，所以趕快去將倒地的「凱寧」扶起，即可繼續劇情，大野豬魔物出現囉！ 將大野豬打倒後，牠會再復生。一直打到門開啟後，就趕快進入通道暫避過大野豬唄！繼續往前走上階梯後，大野豬又追來了，趕快往前快跑別被追上就對了唄！ 跑進大房內發現對面的門上鎖打不開，最終還是被大野豬追上了！大野豬是打不死的，一直打到「面具之王」帶兵前來支援，擋住大野豬斷後，並合力打開大門，讓「尼爾」等人繼續前進到『魔王城3』。
再次見到「波波菈」和「迪瓦菈」，她們道出一千三百年前，面臨毀滅的人類採取的最後手段，就是『型態計劃』。獲得了文件『型態計劃 報告書』。 「白書」也因此想起了以前的記憶，表示這裡所有人都不是人類，都是人類製造出來的『假人』(複製人)。而被稱之為『魔物』的就是人類！ 「波波菈」和「迪瓦菈」表示她們永無止境的人生目的，就只有遵照人類的指示，控制別人的人生。你們有你們的理由，她們有她們的理由。各自訴求理念不同，唯有開打囉！ 戰後、憤怒的「波波菈」牽制眾人欲同歸於盡，最後「艾米爾」犧牲自己斷後，護送「尼爾」與「凱寧」往前。 另方面、「面具之王」與他的士兵們，最終與大野豬同歸於盡...
收起悲傷之心的「尼爾」與「凱寧」，繼續往前到最深處的房間，見到魔王及昏倒在床上的「悠娜」。 打倒魔王後，醒來的「悠娜」出言阻止殺魔王，稱魔王是她 (「悠娜」體內的魔物) 的哥哥，並說別人的身體，她不需要，也不想要了！ 她感受到體內原本的那個女孩，和她一樣很愛她的哥哥，因此將自己曝曬在烈日下，蒸發得無影無蹤，將身體還給原本的女孩... 魔王見此悲憤不已，再次展開攻擊。「白書」為了牽制魔王的行動，完成它背負的最後重任而形體消失了。此時魔法也不能用了，直接去砍殺魔王，將他打倒唄！ 此時「凱寧」身上的魔物已蔓延全身，已快失去控制了！上前觀看時，「凱寧」請求你在她失控之前殺了她。語畢、已失控的朝你攻擊... (需收集全武器才有) 打倒「凱寧」後，其體內的魔物因她相處太久而有了感情，告知有二種方法可救「凱寧」： 1.結束「凱寧」的生命，讓她從苦難中解脫。 →『結局Ｃ』 2.是用自身存在作為代價，讓「凱寧」恢復成人類。 →『結局Ｄ』 「尼爾」悲痛地一劍刺穿「凱寧」胸口，讓她從苦難中解脫後，其體內的魔物殘留之聲表示他長年待在「凱寧」體內，一直折磨著她，也因此一直都親身感受著「凱寧」的痛苦，幾乎把人逼瘋的痛苦。 但、現在「凱寧」已經不再痛苦了，多虧了你，「凱寧」得到了赦免與救贖。告訴你「凱寧」臨終時對你說的話吧...『謝謝！』...
《尼爾：人工生命
ver.1.22474487139...『結局Ｃ』》
～Fin.～
「凱寧」身上的魔物表示若以你的存在去讓「凱寧」復活，你將會從這世上消失。你的妹妹、朋友以及其他所有人都會將你忘得一乾二淨。你曾活過的所有證據也將全部消失。與此交換，「凱寧」將會再度回到這個苦難的世界。「尼爾」毅然選擇了這個決定... 此時系統會要求刪除所有的保存資料，也只能選『是』囉！不選是玩不出『結局Ｄ』的！ 「凱寧」醒來後，「悠娜」感謝她打倒魔王救了她。因為她們的記憶中已沒有「尼爾」這個人了... 然而、「凱寧」卻不經意地流下了淚，因她有種悵然若失的感覺，好像有人給了她很珍貴的東西，非常珍貴的某樣東西... (完成『結局Ｄ』後，遊戲主選單畫面會有一朵月之淚)
《尼爾：人工生命
ver.1.22474487139...『結局Ｄ』》
～Fin.～
～ 2053年 夏 ～ 「主角」與妹妹「悠娜」於廢棄商店裡躲避酷寒氣候，消滅出現的魔物後，「主角」到角落關心重病纏身的妹妹「悠娜」，準備到外面找些吃的東西時，叮囑妹妹切勿碰觸地上的『黑書』。 此時魔物再出現，「主角」雖奮力清理一波後，魔物仍不斷出現。精疲力盡的「主角」，為了保護妹妹，無奈接受了『黑書』的力量... 獲得『黑書』的力量，開始可以使用魔法囉！開始大開殺戒，殺出外面消滅所有的魔物後，聽到廢棄商店內有動靜，「主角」擔心妹妹的安危，正欲進樓時，大型魔物出現囉！將牠消滅後，進屋找妹妹「悠娜」，見到她的黑文病發作，昏迷過去了...
～ 1412年後 ～ 「主角」與妹妹倖活下來，居住於小村莊，但「悠娜」的病仍然沒有好轉。這天、「主角」準備外出狩獵，並去圖書館替妹妹借回她喜歡的書。 到村內右上方的『圖書館』二樓房間，找一直照顧他們兄妹的「波波菈」小姐，她說商店街有委託的工作，給了《北方平原地圖》及 1000G，希望你能去『北方平原』帶一些羊肉回來，並順便向委託人買三份藥草回來。 下樓準備出圖書館時，見到「悠娜」妹妹來到圖書館。上前交談要她趕快回家休息，病情就會好轉的...
由村子上方出口到『北方平原』，就可看見許多綿羊囉！消滅並取得《羊肉》x3 後，準備回村時，在村口遇見三集魔物。將其消滅後，憂心魔物竟離村子越來越近了！
到左側的商店街，將《羊肉》交付給道具店的委託商人，獲得酬勞 600G。並向他購買三份《藥草》，若金錢足夠，不妨也先把《東街道地圖》、 《崖之村地圖》、《神話森林地圖》買一買唄！ 到『圖書館』將《藥草》交給「波波菈」後，回家找妹妹，跟她說發現了花朵《月之淚》就能變成有錢人及治百病的故事後，休息去囉！ 翌日、「主角」照常到『圖書館』找「波波菈」。她說木工們到『北方平原』修理壞掉的橋，但糟糕的是那邊出現了魔物，請你幫忙清理那邊的魔物。 到『北方平原』中央的斷橋處找到魔物，將其全部消滅唄！回『圖書館』向「波波菈」回報，她轉交木工們給的謝禮 1000G，並說「悠娜」有來找過她，詢問了有關外面世界的事... 回到家中查看床鋪，發現「悠娜」妹妹不在家，不知跑哪去了。心想她可能又跑去圖書館了。 到『圖書館』仍不見妹妹的蹤影，上樓問「波波菈」。她說「悠娜」中午來找她問哪裡有《月之淚》的事，跟她說了以前會生長在村外東邊石之神殿附近... 到村子右側出口處發現「悠娜」掉落的《悠娜的緞帶》，心想「悠娜」該不會真的去了石之神殿。出村到『東街道』，往右上到『石之神殿周圍』，再沿路走過長長的吊橋進入『石之神殿』。
走上中央的環形樓梯，在樓梯上看見的木箱，擊破可獲取《石之神殿地圖》。 到 2F 後，到正下方的房間，擊破木箱可獲得《青銅鑰匙》，拿去開右側的門。 沿路滅怪，繞到左下方房盡頭，爬上木梯再爬上繩梯到 3F。沿路滅怪前進到頂樓，通過斷垣區域進入祭壇廳。 見到「悠娜」昏倒在裡面的祭壇上，且有兩名重兵守衛把守。清理小魔物及擊破兩名重兵守衛間的紅色結晶後，出現古代睿智的「白書」。它說能賦予你力量來消滅這些擾人魔物救人。上前向它詢問如何拯救「悠娜」後，「白書」加入成為夥伴。 消滅小魔物後，兩名重兵守衛甦醒並攻擊而來。將他們消滅救出「悠娜」，此時祭壇廳也開始崩塌囉！即時離開祭壇廳後，「悠娜」的黑文病又發作了，趕緊返回村裡。
回到家將「悠娜」安置休息後，「白書」說「悠娜」身患的黑文病，一旦染上那種病，類似黑色文字的圖案會逐漸蔓延全身，最終導致死亡，需想辦法找出解救之法才行。 村內中央的噴水池旁找「迪瓦菈」，她說從以前流傳在村子裡的遠古之歌就有提到白書，其中的涵義她也不是很清楚，但好像是在說黑書總有一天會降臨世上，散播疾病，不過和它抗衡的白書會拯救世界。其他可去問萬事通「波波菈」，或許她知道些什麼！ 圖書館二樓找「波波菈」詢問，得知白書會藉由被封印的話語降伏黑書，解除災厄疾病拯救世界。 「主角」心想只要有白書，就能治好妹妺的病。而魔物似與這被封印的話語有不淺的關係，若能滅之或能取得。 「波波菈」表示最近在北方的『崖之村』出現魔物，現在『北方平原』的橋已修好了，通過即可抵達，到那裡找村長，就能知道情況。
到『北方平原』，經過中央修好的橋，到達左下方的『崖之村』。走到最高處村長所住的金色屋子，但村長當即下逐客令，要你趕快離開這個村子。 回到村口準備離村時，見到棚屋掛著白色花環。上前查看時，看見一名身上散發出魔物氣息的內衣白髮妹子，認為她是魔物而大打出手。 戰後、出現一隻大型魔物襲擊。二人聯手將大魔物擊退後，獲得被封印的話語，可使用魔法『黑手』了。白髮女子也因遭逃離的魔物擊中而昏迷，「白書」認為她不是魔物，而是被魔物附體的人類。 照顧白髮女子待其醒來後，「尼爾」解釋誤以為她是魔物的誤會，女子表示叫「凱寧」，身上的確有一半是魔物，和她扯上關係的都不會有什麼好事，要你趕快離開。並說剛才的大魔物是她的獵物，要你絕對不准對牠出手！
回到家裡看臥病在床的「悠娜」妹妹，她的病情似又惡化，相當痛苦。決定去找「波波菈」拿止痛藥物。 圖書館找「波波菈」，她說南方的『海岸鎮』才能釣到的《藥魚》，能有效止痛，可緩解「悠娜」妹妹的痛苦。
由『主角的村子』的商店街下方出口到『南方平原』。沿路往前看見衛兵遭魔物襲擊，趕快上前幫忙消滅魔物後，獲得謝禮單手劍武器《月光與闇》。繼續沿路往前到『海岸鎮』。
進鎮後、沿路往前走即可到商店街，找道具店即可買到《海岸鎮地圖》、《南方平原地圖》，如此就有防呆地圖可看囉！ 到商店街下方的海邊堤防處找到老爺爺，他說在西邊的海灣可釣到《藥魚》。給了《釣竿》和《擬餌》，要你自己去釣唄！ 到左側的海灣開始釣魚。使用《擬餌》釣獲《藥魚》。正要離開海灣時，一位老婆婆叫住你，請你幫她去趟郵局拿信。 到鎮內右側的郵局內找郵差，他說因腳受傷了，所以無法送信去給「燈塔婆婆」。於是給了《老婆婆的信》，並得知你是從「波波菈」小姐的村莊來的，給了《給波波菈的信》託你回村時轉交。 回到海灣發現老婆婆已不在了，從旁邊往下的路走到盡頭的燈塔。進入到燈塔上找到「燈塔婆婆」，將信給她唄！獲得謝禮 1000G。
回家找「悠娜」妹妹，讓她服用藥魚治療。翌日、妹妹表示身體好轉已不痛了，跟妹妹介紹「白書」，妹妹叫它「白白」唄！「主角」表示有事要去找「波波菈」小姐，叮嚀妹妹要乖乖睡覺喔！ 圖書館找「波波菈」轉交郵差的《給波波菈的信》，並表示對付大魔物相當吃力，詢問有啥強化武器之法。 「波波菈」說廢鐵山採集到的金屬可強化武器，而山的入口有店可幫忙強化，不過強化需要錢。若需錢，可去酒館看看，村中若有委託都會集中在那裡。 到酒館找「迪瓦菈」交談，她說酒館會有許多村子的情報，想找工作可隨時過來找她。此主要是告訴你有空找她查看支線任務唄！
『北方平原』右上瀑布河流的斷橋下木梯，爬上到『廢鐵山外部』。 進入左通道一對兄弟經營的武器加工店。他們給了《廢鐵山地圖》並說只要進廢鐵山找三份《鈦合金》材料來，就可幫忙加工武器。而他們的媽媽幾天前進廢鐵山找材料至今未回。 進入『廢鐵山』的 1F。一路殺至最左上方刷機器人，取得三個《鈦合金》後，拿回武器加工店找兄弟倆強化武器，此後可來這裡強化武器了。 弟弟吵著要找媽媽，答應幫忙尋找後，哥哥說他們的媽媽可能到深處找材料，給了可啟動昇降機的《昇降機的啟動通行碼》。 進入『廢鐵山』的 1F 乘坐 Ev-A 昇降機到 B1F。沿路殺到兵器試驗場的中央圓形大廣場遇 BOSS 巨型機器人，將它滅了後，獲得了被封印的話語，習得魔法『黑之暴食』。 進入深處房間發現一對男女屍體。女子應就是武器加工店兄弟倆的母親，她應是要拋棄兒子與這年輕男人私奔，結果死在這裡。 從女子身上撿取有玫瑰香味的《化妝瓶》，回去向兄弟倆說明... (要選哪個隨您高興) 之前『崖之村』出現魔物之事未解決，決定再前往看看情況...
村口見到內衣妹子「凱寧」正與魔物交戰。上前協助一路殺進村內，再次遇見上次的大型魔物。將它消滅後，上前叫喚昏倒在地的「凱寧」.... ......... ......... ......... ....又做了...那個夢...。被無法抵抗的痛苦和悲傷侵襲的夢...我...好像忘了什麼重要的事。 每次看到折斷的劍，就會想起跟魔王壯烈的戰鬥。自從那天救了叫「悠娜」的少女之後，過了三年... 我...應該已經完成目標了。但為什麼、為什麼我會哭呢...即使在那之後過了三年，直到現在我還是沒辦法解答那天的疑問... 「凱寧」在睡夢中醒來，為這三年來一直做著這奇怪的夢搞的煩心不已，決定去殺魔物來耗耗時間... (這裡開始是操作內衣妹子「凱寧」囉！^^) 查看床邊的法杖，想起了「艾米爾」...
出村到『北方平原』四處打魔怪吧！熟悉一下內衣妹子的戰鬥，順便四處搜刮一下唄！ 到右下方『悠娜的村子』(現在是以妹妹的名字來命名) 入口前，看見被魔物圍擊的衛兵。上前協助消滅魔物後，衛兵說聯絡不上『神話森林』的居民，請妳幫忙前去看看，並送上《藥草》x3 致謝。
進村發現遍地死屍，到深處的神樹處，看見樹洞中出現許多機械人。將其消滅後，詢問神樹旁奄奄一息的村長，他只說機械不知何故從神樹中出現，便斷氣了...
進入神樹樹洞到地下區域，沿路前進，聽到謎之音表示歡迎妳來到人類之海、罪罰的墓地。更直指妳被創造出來的人工生命，妨礙了型態計劃。因殺死了原始型態，失去目標的型態們失控，造成許多人工生命犧牲... 一路來到魔法陣處，消滅出現的機械人，解除魔法陣。進入到裡面的房間，見到一對神秘男女雙胞胎人工生命。他們表示是這座森林的管理者，但粗暴女「凱寧」根本不想聽他們解釋，當即揮劍砍了過去。雙胞胎見「凱寧」無法對話，當即喚出大型機械人對付。 戰後、進入下個房間再次見到雙胞胎，他們讚許妳有很強的實力，且已把妳的力量當成了樣本。隨後製出了數名與妳一樣的複製人，朝妳攻擊而來！ 戰後、由於複製人不斷重生，讓「凱寧」漸感不支時，「艾米爾」出現協助抵抗，並指出前方魔法陣應是能量的泉源，只要將它破壞，那些複製人應就會消失。因此請你對付那些複製人，爭取時間來讓他破壞魔法陣。 繼續斬殺那些一直重生的複製人吧！直至「艾米爾」破除魔法陣，終令複製人不再重生出現了... 繼續往前到下個黑白空間區域，雙胞胎表示妳失去的東西就在裡面，是妳找回的最後希望... 沿路前進的路上，「艾米爾」表示總覺得好像忘記了很重要的事情。「凱寧」表示也有此感覺，就是不知道為什麼，但腦子裡感覺有一層類似霧的東西... 走了一段長路來到類似『魔王城』之處。揮砍盡頭處的白色方塊，雙胞胎之音傳來說那是儲存著各式各樣的資訊，是這座森林的中心框架。 世界的一切，還有妳失去的記憶都在那裡，與其說是記憶，更該說是『世界』吧！無論如何，那就是你想知道的答案！ 躲避魔法彈攻擊，衝前去砍擊方塊吧 (需擊破三次哦！)！擊破方塊後，來到了另一個黑白空間，雙胞胎之音傳來說這裡是妳的記憶、妳的世界... 沿路往前到盡頭見到黑色方塊，雙胞胎表示這是妳心底的甜蜜紀錄、被封閉的痛苦記錄... 擊破黑色方塊後出現魔物，雙胞胎言道這些魔物是型態化的人類靈魂。這是透過紀錄重現的資料，妳一直以來殺的都是真正的人類... 消滅魔物後，黑色方塊再生。擊破出現魔物再消滅，重覆兩次後，出現那隻在崖之村殺死奶奶的大魔物！雙胞胎表示這是重現妳記憶中最糟糕的記憶，妳能打倒這個惡夢嗎！ 戰後、「凱寧」遭大魔物幻術影響，沉浸於與奶奶共處的回憶幻境而無法自拔時，幸得「白書」出現，將她從幻境中喚回，一起對付大魔物。(此時可用魔法囉！) 消滅大魔物後，雙胞胎也隨之消失了。「凱寧」終想起那個以自身存在作為代價，讓她恢復成人類的那個重要的人，誓要將他帶回來！！ 上前查看倒在地上的男子，詢問妳確定要帶回重要的人嗎？ 若選『是』(不選也玩不出『結局Ｅ』唄！)，屬於「凱寧」的存檔將全刪除，之前『結局Ｄ』中被刪除的保存資料將會還您一個最新的存檔。之後會詢問重要之人的名字，輸入您在『結局Ｄ』時的主角名字唄！(筆者玩時是取「尼爾」) 最終、「凱寧」終找回記憶，帶回了她重要的人。或許我們的旅行沒有意義，或許我們的過去做錯了。但我不會回頭，就算這世界毀滅也一樣。因為這裡是有著重要之人的世界...
《尼爾：人工生命
ver.1.22474487139...『結局Ｅ』》
～Fin.～
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