以歐查帝國為首的歐查叛軍，對愛爾達聯邦發起的全面侵略行動，持續十二年之後，最後一場戰爭在拉錫葉首都厄特終結。歐查聯軍敗戰後撤返回頭.....

　　號稱「歐查之劍」的貝力歐女王「伊絲塔」於戰役中身亡，新女王「瑪西亞」受封王位後，帶領歐查三國重新加入邦聯議會.....

　　十二年戰爭結束後，貪婪的人心並未重新反省。歐查聯軍野心未滅，七年後歐查重振大軍再起。貝力歐、亞伯登及薩梅爾等三國聯軍再度侵襲邦聯各國.....

　　羅曆一六七六年，拉錫葉公國首當其衝。拉錫葉左翼正規部隊遭拉奎爾及薩梅爾夾擊下全軍覆沒！右翼正規軍主將陣亡導致部隊瞬間崩潰，王城守衛失利使拉錫葉首都厄特陷落。王室衛隊護衛皇室以及殘餘部隊退負東南隅賓斯坦城......

　　「希德蔓」表示須再去通知其他人，她的兩位同伴「希蜜」和「伊恩」正在後方抵擋敵人替她爭取時間。「妮雅」說會幫助她的兩位同伴，要「希德蔓」趕緊去通知其他人！

　　「妮雅」自願擔任前往加百列求援的任務。「伊莉莎」因此晉升「妮雅」為小隊長，並增派「愛希莉」和「西碧兒」加入隊伍，一起前往加百列執行求援任務。

　　出發前、「伊莉莎」叮嚀說加百列雖國勢強盛，但加百列女王想統一南愛爾達的野心不小，要從她手上借到兵力的機會並不高，所以希望「妮雅」在與加百列女王應對時，隨時都能做好心理準備！

　　一行人踏上求援之行，小迷糊「希蜜」高興地衝向前帶路，誰知又遇到歐查軍隊，眾人當即展開對抗之戰！

　　一行人來到村子休息時，卻在村內遇上剛才的響馬團。原來此村正是她們的城砦，奪信之戰就此展開！

　　為追回國信，「妮雅」等人趕緊追趕尚跑不遠的響馬團，終在狄道追到她們，奪信之戰就此展開！

　　香格里拉首都玉京的地牢裡，「妮雅」被士兵押解至大殿見金星女帝。「妮雅」趁此機會將「坎維琪」要轉交的私函給女帝，這才證明「妮雅」是特使團的身份。

　　女帝表示無插手邦聯內戰的權力，況且也沒有平白將本國士兵交出去送死的道理。而國內近日正逢武鬥大會競賽，因此邀「妮雅」參加比賽，以看看眾人的實力再作決定！

　　獲得武鬥大會優勝後，女帝仍不願出兵，只提供糧食、物資方面的支援。而武鬥會上落敗的女帝之妹「麗鳳」對「妮雅」十分賞識，決定以個人修行的名義加入邦聯軍隊，與「妮雅」等人同行。女帝雖有些不悅，但仍同意並派「青色」、「愛玉」隨行。

　　返回拉錫葉路上，途經狄道再遇「盈月」率領的響馬團攔路行搶。而剛好「盈月」與「麗鳳」又是死對頭，雙方互嗆激起戰鬥囉！

　　「盈月」落敗後心有不服，要「麗鳳」與她單挑一場！Who 怕 Who，那就來唄！

　　「盈月」P.K. 落敗後，「麗鳳」向「妮雅」等人道出，「盈月」乃當初她在武鬥大會的手下敗將，想不到她當不上武林盟主，就跑來沙漠當賊王。而「盈月」也因偷看過國信，得知「妮雅」的國家情勢，因此帶著手下「雪夜」一同加入幫助。

　　此時「伊恩」探情回報，說尤利爾已被大批敵軍封鎖，無法通行。而對葉虜韃北方消息瞭若指掌的「盈月」，更說鄰近的幾國都被佔領了！因為貝力歐王國境內的清澈泉水逐漸變成黑濁，但是喝下黑色泉水的人，似乎都沒有任何異狀，且漸漸發現有部份的人變強了，所以才有如此強大的戰力在短時間內佔領各國。

　　如今陸上道路已全被封鎖，「麗鳳」提議回香格里拉藉由海路返回拉錫葉。一行人來到白虎國白列灣海港搭船時，「麗鳳」見到她們香格里拉士兵，正在對抗一群在港口引發騷動的怪物，眾人上前援助！

　　擊退怪物之後，在船上發現怪物史萊姆小孩「溫妮菲德」，小迷糊「希蜜」看她可憐，徵得眾人同意，將她帶入隊同行。

　　一行人乘船來到加百列威爾港，卻不見半個巡守士兵。一路趕往皇宮，竟連皇宮都沒人！正感納悶時，看見一名女孩「雪光」，詢問才知因歐查軍打算要一舉攻下加百列，邊境部隊抵擋不下，連女帝都親征去。而拉錫葉也已完全被攻陷了！

　　「妮雅」一行人決定趕往邊境協助退敵！來到邊境戰區，發現「赫拉」女帝陷入苦戰，眾人急忙上前相助！

　　「瑪西亞」落敗之後，不甘心地撤退而去。眾人回到加百列皇城宮殿，「赫拉」女帝感謝眾人適時援救，並說現階段北方各國皆被歐查軍佔據，南方僅存本國和雷米爾尚有些許戰力抵抗。如今只能依賴邦聯殘存的兵力來收復各國了。

　　隨後「赫拉」女帝將「赫莉」將軍派駐在「妮雅」的邦聯部隊下，協助復興邦聯各國。並命「妮雅」為邦聯部隊統帥，責任是擊退歐查軍並收復邦聯各國。

　　「赫拉」女帝表示現階段的邦聯軍以拉錫葉國居多，第一個收復點就從拉錫葉開始。

　　「妮雅」一行人出發來到拉錫葉東南的雷薩林海灣，見到遭歐查軍追擊的「英格麗」，她加入隊伍與眾人共同抗敵！

　　擊退「潔莉」之後，眾人士氣高漲，一鼓衝回厄特首都展開首都奪回戰！

　　「瑪西亞」再度落敗含恨撤退而去。「妮雅」等人儘快將收復拉錫葉的好消息通知加百列女帝。四天後、在加百列薩維爾皇城，「赫拉」女帝指示拉錫葉的修復工作就由她們負責，要「妮雅」接下來將沙利葉、尤利爾、拉斐爾各國一一收復。

　　「妮雅」一行人出發來到沙利葉，發現戰敗的「潔莉」已投奔沙利葉的「雷絲曼」女帝，收復之戰就此展開！

　　擊退「雷絲曼」，收復沙利葉，「妮雅」一行人在補充軍品後，準備繼續出發前往尤利爾。

　　此時「安潔莉娜」看見她家隔壁的「耶思朵」跑出城外，與「米雅法兒」追了過去。「盈月」好奇地帶著「雪夜」隨後追了去，卻遭遇到敵軍的包圍，此時手下「夏美」及時出現共同禦敵......

　　「妮雅」等人無奈也追到尤利爾王國邊境，發現「盈月」等三人被包圍，當即上前救援......

　　「雷絲曼」落敗後，將敗戰之因歸咎於黑泉水喝得太少，氣忿地撤退而去。

　　奪回尤利爾後，「妮雅」一行人繼續追趕走失的「安潔莉娜」和「米雅法兒」。

　　另方面、「安潔莉娜」和「米雅法兒」追著「耶思朵」來到拉斐爾王城前，卻誤踏敵區而被包圍，現下只有原地防守或撤退，等待「妮雅」等人前來救援！

　　往下逃竄躲避撐過三回合，第四回合「妮雅」大軍就會前來救援囉！

　　「紗琳娜」戰敗撤退而去，「妮雅」一行人順利收復拉斐爾，也在城門前找到「耶里朵」。這才知歐查軍強迫人民加入軍隊，所以她才會在歐查軍隊中。「妮雅」邀「耶里朵」入隊共同對抗歐查軍，對於「耶里朵」的加入，「安潔莉娜」似欲言又止.....

　　一行人班師返回加百列薩維爾皇城。一週後、「赫拉」女帝指出黑色泉水的危害日趨擴大，以歐查軍的根據地受影響最大，因此現在正是消滅歐查戰力的最好時機。要「妮雅」帶領邦聯部隊由薩梅爾南方進攻誘敵，再配合斐爾軍進攻薩梅爾王城。

　　「妮雅」率隊出發，來到河邊遭遇到「瑪西亞」和「潔莉」率領的歐查軍，大戰當即燃起！

　　開戰第一回合後，「潔莉」像失心瘋般地猛自己人，「妮雅」等人見此感到困惑不已時，「溫妮菲德」說一切攏是黑色泉水惹的禍啦........

　　消滅敵軍後，回到加百列薩維爾皇城，「赫拉」女帝表示黑色泉水的嚴重後遺症，使得整個歐查軍隊已經四分五裂。現在貝力歐的歐查軍首領「瑪西亞」已經宣布停戰了，也正派人積極遊說拉奎爾投降。但亞伯登、梅塔隆等國因受到黑色泉水嚴重侵害，無論內戰或對外攻擊，實際運作都已完全脫離歐查政府的管轄.....

　　「希蜜」詢問「溫妮菲德」有關黑水之事，得知黑水就是來自「溫妮菲德」的家鄉瑪雅。「麗鳳」提議先回香格里拉，找知識豐富的「紗玲」長老問問，也許能知道究竟！

　　一行人來到加百列威爾港搭船後，卻不見「耶里朵」的蹤影，「安潔莉娜」心中感到不對勁.......

　　四天後、「妮雅」等人到達香格里拉，向「紗玲」長老尋求解除黑色天使之泉的方法。同時間、一批來自愛爾達，受黑色泉水感染的疫病軍團，正侵襲香格里拉的白虎郡。「紗玲」長老認為愛爾達疫病軍跟隨於邦聯軍隊中而入侵，因此要求「妮雅」等人將白虎郡收復！

　　另外、「麗鳳」轉派試煉場進行修煉而離開隊伍。一行人出發來到白虎郡，果然敵人已佔領此處，此時「耶里朵」又出現歸隊，「安潔莉娜」心中有股不安的徵兆......

　　「潔莉」敗北撤退聚集至北邊境，「妮雅」等人隨後追擊，再次展開大戰！

　　「妮雅」一行人再度擊退敵人，獲得勝利之後，繼續乘勝追擊到天使之泉前，再度追上「潔莉」的部隊。大戰燃起時，「焰舞」和「百靈」在「紗玲」長老指派下，前來協助「妮雅」共同退敵！

　　「潔莉」敗北繼續撤退逃到港口，正準備搭船逃離時，「妮雅」一行人追上來，大戰再度展開！

　　戰後、「耶思朵」卻突然殺出替「潔莉」解危而一起逃離，原來她是歐查軍的間諜！此時「紗玲」長老趕至，將可淨化黑色泉水的鎮魂劑交給「妮雅」，表示將藥劑倒入黑色天使之泉，在短暫時間內就會逐漸變回正常的天使之泉，受黑色泉水輕度感染的人，只要喝下就可回復，但若已陷入太深之人，就無法挽回了！

　　「妮雅」一行人回到加百列薩維爾皇城，將鎮魂劑之事告訴「赫拉」女帝，她要「妮雅」帶鎮魂劑到貝力歐交給「瑪西亞」，完成該國的淨化工作。

　　六天後、「妮雅」等人到達貝力歐，將鎮魂劑交給「瑪西亞」女帝之後，繼續往瑪雅出發。途經梅塔隆約森河附近，見到「瑪西亞」正在追拿受黑水控制的「潔莉」。

　　此時瑪雅人「帕托克」也率隊前來逐回外人，在得知「妮雅」有黑色泉水的解藥，央請「妮雅」幫忙解除瑪雅的黑水危機。「妮雅」答應後，當務之急是先解決眼前已陷入瘋狂狀態的「潔莉」等人吧！

　　敗北的「潔莉」又溜走逃往天之頂去囉！「帕托克」說「潔莉」感染之深，若再讓她繼續喝黑色泉水，恐怕危害會越嚴重。於是在「帕托克」帶領下，追擊到天之頂亞伯登找到「潔莉」。

　　開戰前、瑪雅的援軍「曼寧」和「艾若綺」趕來援助「妮雅」......

　　「潔莉」敗陣又溜走囉！「妮雅」一行人再度追擊到瑪雅的天使之泉遺跡，見到「潔莉」為求更強大的力量，欲再飲用黑色泉水。「瑪西亞」女帝上前勸阻未果，只好以武力來喚醒她了......

　　戰後、「潔莉」在「瑪西亞」的呼喚下，漸漸恢復記憶。然「潔莉」知道自己受黑水感染極深，已無藥可救，為免再度失控造成災難，祈求「瑪西亞」殺了她......

　　「瑪西亞」無奈下，含淚傷悲地出手送「潔莉」步上人生最後一程！內心十分痛苦的她，言道想自己靜靜而離去.....

　　「妮雅」等人將黑色天使之泉淨化之後，在「帕托克」引領下，繼續前進來到瑪雅的柯凡迪雅神殿。發現此處已被黑水感染的失心者佔據，並見到神殿守護者「普蘭可」遭到圍擊，眾人當即上前救援！

　　戰後、「普蘭可」說有許多愛爾達人已受到黑水嚴重控制，她們現在全都聚集在聖地荷洛卡斯大神殿。本想決定加入隊伍一起前往收復聖地，但「帕托克」拒絕讓她加入，表示她須拿鎮魂劑去淨化黑色天使之泉，至於打仗的事就交給她們吧！

　　「妮雅」一行人來到荷洛卡斯大神殿，面對受黑水感染至深的「雷絲曼」等人，展開最終的聖戰！

　　黑色泉水危機終於結束了！但「妮雅」心中疑慮著黑色泉水帶來的究竟是力量，還是毀滅呢.......

　　「溫妮菲德」在「帕托克」的帶領下，回到大海與她的家人相聚。這陣子當她保姆的小迷糊「希蜜」，見此情景倍感離情依依......

　　「瑪西亞」回到貝力歐皇城，想到無法將「潔莉」帶回而感傷心。倏忽間、仿佛見到「潔莉」的身影，「潔莉」感謝「瑪西亞」多年的照顧，感謝能在她還清醒之時以歐查之劍來結束她性命，並說如果還有機會的話，絕對還是會選擇跟隨「瑪西亞」的.....

　　「盈月」回到尤利爾王國沙漠邊境的響馬寨，超白目的她竟然將之前搶奪的國信還給「妮雅」。「妮雅」等人想起此國信帶來的痛苦回憶，一陣亂拳打得「盈月」唉唉叫，倉皇逃竄而去......

　　香格里拉玉京皇城競技場，「麗鳳」與「盈月」這對鬥氣冤家，決定再比鬥論輸贏唄......

　　「安潔莉娜」和「米雅法兒」回到拉錫葉翠綠村，雖在整趟旅程都沒能找到「葛瑞絲」大主教，但仍然覺得這段旅程很值得.....

　　「妮雅」與「希蜜」也終回到拉錫葉首都厄特，過著和平、無戰爭、無紛擾的開心生活.......